tibljТуберкулез и болезни легкихTuberculosis and Lung Diseases2075-12302542-1506Медицинские знания и технологии10.21292/2075-1230-2017-95-7-33-39tiblj-1021Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ЛЕКАРСТВЕННО-УСТОЙЧИВЫХ ШТАММОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS В ОМСКОЙ ОБЛАСТИGENETIC DIVERSITY OF DRUG RESISTANT STRAINS OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN OMSK REGIONПасечникО. А.PаsechnikO. A.

Пасечник Оксана Александровна - кандидат медицинских наук, старший преподаватель кафедры эпидемиологии. 

644050, г. Омск, ул. Мира, д. 9. Тел.: 8 (3812) 65-06-54.

Oksana A. Pasechnik - Candidate of Medical Sciences, Senior Teacher at Epidemiology Department. 

9, Mira St., Omsk, 644050    Phone: +7 (3812) 65-06-54.

opasechnik@mail.ruДымоваМ. А.DymovаM. A.

Дымова Майя Александровна -  кандидат биологических наук, младший научный сотрудник лаборатории фармакогеномики Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

630090, г. Новосибирск, просп. Акад. Лаврентьева, д. 8. 

Maya A. Dymova - Chemical Biology and Fundamental Medicine Institute, Siberian Department of Russian Academy of Sciences, Candidate of Biological Sciences, Junior Researcher of Pharmacogenomics Laboratory

8, Akad. Lavrentieva Ave., Novosibirsk, 630090 Phone: +7 (3833) 63-51-71.

maya.a.rot@gmail.comСтасенкоВ. Л.StаsenkoV. L.

Стасенко Владимир Леонидович - доктор медицинских наук, профессор, заведующий кафедрой эпидемиологии. 

644050, г. Омск, ул. Мира, д. 9. Тел.: 8 (3812) 65-06-54.

Vladimir L. Stasenko - Doctor of Medical Sciences, Professor, Head of Epidemiology Department. 

9, Mira St., Omsk, 644050 Phone: +7 (3812) 65-06-54.

vlstasenko@yandex.ruТатаринцеваМ. П.TаtаrintsevаM. P.

Татаринцева Марина Петровна - главный врач.

644058, г. Омск, ул. Целинная, д. 2.

Marina P. Tatarintseva - Chief Doctor. 

2, Tselinnaya St., Omsk, 644058

buzoo_kptd@mail.ruКолесниковаЛ. П.KolesnikovаI. P.

Колесникова Любовь Павловна - заведующая бактериологической лабораторией. 

644058, г. Омск, ул. Целинная, д. 2.

Lyubov P. Kolesnikova - Head of Bacteriological Laboratory. 

2, Tselinnaya St., Omsk, 644058

pahotinaluba@yandex.ruЛяпинаЕ. С.LyapinаE. S.

Ляпина Елена Сергеевн - врач-бактериолог. 

644058, г. Омск, ул. Целинная, д. 2.

Elena S. Lyapina - Bacteriologist 

2, Tselinnaya St., Omsk, 644058

elena.lypina@mail.ruФГБОУ ВО «Омский государственный медицинский университет» МЗ РФРоссияOmsk State Medical UniversityRussian FederationФГБУ «Научно-исследовательский институт туберкулеза»; ФГБУН «Институт химической биологии и фундаментальной медицины» СО РАНРоссияNovosibirsk Tuberculosis Research Institute; Chemical Biology and Fundamental Medicine Institute, Siberian Department of Russian Academy of SciencesRussian FederationКУЗОО «Клинический противотуберкулезный диспансер»РоссияClinical TB DispensaryRussian Federation2017090820179573339Copyright © Пасечник О.А., Дымова М.А., Стасенко В.Л., Татаринцева М.П., Колесникова Л.П., Ляпина Е.С., 20172017Пасечник О.А., Дымова М.А., Стасенко В.Л., Татаринцева М.П., Колесникова Л.П., Ляпина Е.С.Pаsechnik O.A., Dymovа M.A., Stаsenko V.L., Tаtаrintsevа M.P., Kolesnikovа I.P., Lyapinа E.S.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1021

Представлены результаты изучения особенностей эпидемического процесса туберкулезной инфекции в Омской области за 2006-2015 гг. и молекулярно-генетических характеристик штаммов М. tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ), циркулирующих в данном регионе. Использованы бактериологические, молекулярно-генетические методы, VNTR-типирование, а также дескриптивные методы эпидемиологического исследования. Показатель распространенности туберкулеза составлял 269,2 на 100 тыс. населения. Наблюдается рост доли бактериовыделителей среди впервые выявленных больных туберкулезом органов дыхания с 39,8 до 53,4%. У 48,0% впервые выявленных больных обнаружена устойчивость возбудителя к противотуберкулезным препаратам. В структуре лекарственной устойчивости МЛУ составляла 57%, увеличилась доля широкой лекарственной устойчивости (ШЛУ) с 2,5 до 7,0%. Распространенность туберкулеза с ШЛУ составила в 2015 г. 8,9 на 100 тыс. населения Омской области. При VNTR-типировании 77 образцов ДНК M. tuberculosis с МЛУ было идентифицировано 27 генетических типов. Популяция возбудителя туберкулеза с МЛУ гетерогенна и представлена штаммами различных генетических семейств – Beijing, LAM, S, Haarlem, Uganda. Выявлено преобладание изолятов семейства Beijing (76,6%).

The article presents the investigation results of the specific epidemic situation on tuberculous infection in Omsk Region in 2006-2015 and molecular genetic features of M. tuberculosis strains with multiple drug resistance circulating in this region. Bacteriological, molecular genetic methods, VNTR-typing were used as well as descriptive techniques of the epidemiological process. Tuberculosis prevalence made 269.2 per 100,000 population. There is an increase in those with bacillary excretion among new cases of respiratory tuberculosis from 39.8% to 53.4%. Drug resistance was detected in 48.0% of new cases. Among drug resistance patterns, MDR made 57%, and extensive drug resistance (XDR) increased from 2.5 to 7.0%. In 2015 prevalence of XDR tuberculosis made 8.9 per 100,000 population in Omsk Region. When performing VNTR-typing of 77 samples of M. tuberculosis DNA with MDR, 27 genetic types were identified. The population of MDR strain of M. tuberculosis is heterogeneous and presented by strains of various genetic families -Beijing, LAM, S,Haarlem,Uganda. The investigation showed that isolates ofBeijing family prevailed (76.6%).

туберкулеззаболеваемостьраспространенностьлекарственная устойчивостьгенотипыVNTR-типирование: tuberculosisincidenceprevalencedrug resistancegenotypesVNTR-typingReferencesДымова М. А., Альховик О. И., Чередниченко А. Г., Храпов Е. А., Петренко Т. И., Филипенко М. Л. Генотипирование изолятов Mycobacterium tuberculosis, характеризующихся широкой лекарственной устойчивостью // Вестник Новосибирского государственного университета. Серия: Биология, клиническая медицина. – 2013. – Т. 11. – С. 110-117.Dymova M.А., Аlkhovik O.I., Cherednichenko А.G., Khrapov E.А., Petrenko T.I., Filipenko M.L. Genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates with extensive drug resistance. Vestnik Novosibirskogo Gosudarstvennogo Universiteta. Seriya: Biologiya, Klinicheskaya Meditsina, 2013, vol. 11, pp. 110-117. (In Russ.)Концевая И. С., Макурина О. Н., Балабанова Я. М. Изучение устойчивости к противотуберкулезным препаратам у Mycobacterium tuberculosis в Самарской области // В мире научных открытий. – 2010. – № 4. – С. 51-52.Kontsevaya I.S., Makurina O.N., Balabanova Ya.M. Study of drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in Samara Region. V Mire Nauchnykh Otkrytiy, 2010, no. 4, pp. 51-52. (In Russ.)Мокроусов И. В. Методологические подходы к генотипированию Mycobacterium tuberculosis для эволюционных и эпидемиологических исследований // Инфекция и иммунитет. – 2012. – Т. 2, № 3. – С. 603-614.Mokrousov I.V. Methodical approaches to genotyping to Mycobacterium tuberculosis for evolutional and epidemiological research. Infektsiya and Immunitet, 2012, vol. 2, no. 3, pp. 603-614. (In Russ.)Мокроусов И. В., Нарвская О. В., Вязовая А. А. и др. Геноидентификация эпидемиологически и клинически значимого варианта M. tuberculosis Beijing B0/W148 // Туб. и болезни легких. – 2012. – № 10. – С. 33-36.Mokrousov I.V., Narvskaya O.V., Vyazovaya А.А. et al. Gene identification of epidemiologically and clinically significant variant of M. tuberculosis Beijing B0/W148. Tuberculosis and Lung Diseases, 2012, no. 10, pp. 33-36. (In Russ.)Мордык А. В., Пузырева Л. В., Ситникова С. В., Иванова О. Г. Туберкулез в сочетании с ВИЧ-инфекцией на территории Омской области за период с 2008 по 2012 гг. // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. – 2014. – Т. 6, № 2. – С. 106-109.Mordyk А.V., Puzyreva L.V., Sitnikova S.V., Ivanova O.G. Tuberculosis with concurrent HIV-infection in Omsk Region from 2008 to 2012. VICH-Infektsiya i Immunosupressii, 2014, vol. 6, no. 2, pp. 106-109. (In Russ.)Нарвская О. В., Мокроусов И. В., Вязовая А. А., Лялина Л. В., Шульгина М. В., Мясникова Е. Б. и др. Молекулярно-генетические исследования возбудителя в системе эпидемиологического надзора за туберкулезом // Мед. альянс. – 2014. – № 1. – С. 75-78.Narvskaya O.V., Mokrousov I.V., Vyazovaya А.А., Lyalina L.V., Shulgina M.V., Myasnikova E.B. et al. Molecular genetic studies of M. tuberculosis within tuberculosis epidemiological surveillance. Med. Alyans, 2014, no. 1, pp. 75-78. (In Russ.)Пасечник О. А., Стасенко В. Л., Блох А. И. Эпидемиологические проявления туберкулезной инфекции в регионах Сибири с различной распространенностью ВИЧ-инфекции // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. – 2015. – Т. 14, № 5 (84). – С. 31-35.Pasechnik O.А., Stasenko V.L., Blokh А.I. Epidemiological manifestations of tuberculous infection in the Siberian regions with various prevalence of HIV infection. Epidemiologiya i Vaktsionoprofilaktika, 2015, vol. 14, no. 5 (84), pp. 31-35. (In Russ.)Умпелева Т. В. Молекулярно-генетическая характеристика клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом в Уральском федеральном округе Российской Федерации: Автореф. дис. … канд. мед. наук. – Екатеринбург, 2014 г.Umpeleva T.V. Molekulyarno-geneticheskaya kharakteristika klinicheskikh izolyatov Mycobacterium tuberculosis, vydelennykh ot bolnykh tuberkulezom v Uralskom federalnom okruge Rossiyskoy Federatsii: Diss. kand. med. nauk. [Molecular genetic characteristics of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis isolated in tuberculosis patients in the Ural Federal District of the Russian Federation. Cand. Diss.]. Yekaterinburg, 2014.Dymova M. A., Cherednichenko A. G., Alkhovik O. I., Petrenko T. I., Filipenko M. L. Characterization of extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Siberia // European Respiratory Journal. – 2013. – Vol. 42, № S57. – Р. 598.Dymova M.A., Cherednichenko A.G., Alkhovik O.I., Petrenko T.I., Filipenko M.L. Characterization of extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Siberia. European Respiratory Journal, 2013, vol. 42, no. 2, pp. 598.Мokrousov I., Vyazovaya A., Otten T., Zhuravlev V., Pavlova E. et al. Mycobacterium tuberculosis Population in Northwestern Russia: An Update from Russian-EU/Latvian Border Region. PLoS ONE 7(7): e41318. doi: 10.1371/journal.pone.0041318.Мokrousov I., Vyazovaya A., Otten T., Zhuravlev V., Pavlova E. et al. Mycobacterium tuberculosis Population in Northwestern Russia: An Update from Russian-EU/Latvian Border Region. PLoS ONE 7(7): e41318. doi: 10.1371/journal.pone.0041318.Ribeiro F. K., Pan W., Bertolde A.,Vinhas S. A., Peres R.L., Riley L. Genotypic and spatial analysis of Mycobacterium tuberculosis transmission in a high-incidence urban setting // Clin. Infect. Dis. – 2015. – Vol. 61, № 5: 758-66. DOI: 10,1093 /CID / civ365.Ribeiro F.K., Pan W., Bertolde A.,Vinhas S.A., Peres R.L., Riley L. Genotypic and spatial analysis of Mycobacterium tuberculosis transmission in a high-incidence urban setting. Clin. Infect. Dis., 2015, vol. 61, no. 5, 758-66. DOI: 10,1093 /CID / civ365.Supply P., Allix C., Lesjean S et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44, № 12. – Р. 4498-4510.Supply P., Allix C., Lesjean S et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol., 2006, vol. 44, no. 12, pp. 4498-4510.Van Embden J. D., Cave M. D., Crawford J. T., Dale J. W., Eisenach K. D., Gicquel B., Herman P., Martin C., McAdam R., Shinnick T. M. Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology // J. Clin. Microbiol. – 1993. – Vol. 31. – Р. 406-409.Van Embden J.D., Cave M.D., Crawford J.T., Dale J.W., Eisenach K.D., Gicquel B., Herman P., Martin C., McAdam R., Shinnick T.M. Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology. J. Clin. Microbiol., 1993, vol. 31, pp. 406-409.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.