tibljТуберкулез и болезни легкихTuberculosis and Lung Diseases2075-12302542-1506Медицинские знания и технологии10.21292/2075-1230-2019-97-6-16-22tiblj-1286Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESВидовое разнообразие нетуберкулезных микобактерий у больных микобактериозом на территориях Северо-Западного федерального округа РоссииSpecies diversity of non-tuberculous mycobacteria in patients with mycobacteriosis in the North-Western Federal District of RussiaСтарковаД. А.StarkovaD. A.

Старкова Дарья Андреевна - кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики.

Darya A. Starkova - Candidate of Biological Sciences, Researcher of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics Laboratory.

dariastarkova13@gmail.comЖуравлевВ. Ю.ZhuravlevV. Yu.

Журавлев Вячеслав Юрьевич - кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник, координатор направления «Лабораторная диагностика», руководитель лаборатории этиологической диагностики.

Vyacheslav Yu. Zhuravlev - Candidate of Medical Sciences, Leading Researcher, Coordinator of Laboratory Diagnostics Direction, Head of Laboratory for Etiological Diagnostics.

2-4, Ligovsky Ave., St. Petersburg, 191036, Phone: +7 (812) 775-75-55.

jouravlev-slava@mail.ruВязоваяА. А.VyazovayaA. A.

Вязовая Анна Александровна - кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14, Тел.: 8 (812) 233-21-49.

Anna A. Vyazovaya - Candidate of Biological Sciences, Senior Researcher of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics Laboratory.

annavyazovaya@pasteurorg.ruСоловьеваН. С.SolovievaN. S.

Соловьева Наталья Сергеевна - кандидат медицинских наук, врач-бактериолог высшей категории, заведующая бактериологической лабораторией.

191036, Санкт-Петербург, Лиговский пр., д. 2-4, Тел.: 8 (812) 775-75-55.

Natalya S. Solovieva - Candidate of Medical Sciences, Bacteriologist of Superior Merit, Head of Bacteriological Laboratory.

baclab@spbniif.ruКуликоваО. Н.KulikovaO. N.

Куликова Олеся Николаевна - врач-бактериолог бактериологической лаборатории.

191036, Санкт-Петербург, Лиговский пр., д. 2-4, Тел.: 8 (812) 775-75-55.

Olesya N. Kulikova - Bacteriologist of Bacteriological Laboratory.

2-4, Ligovsky Ave., St. Petersburg, 191036, Phone: +7 (812) 775-75-55.

baclab@spbniif.ruНарвскаяО. В.NarvskayaO. V.

Нарвская Ольга Викторовна - доктор медицинских наук, профессор, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14, Тел.: 8 (812) 233-21-49.

Olga V. Narvskaya - Doctor of Medical Sciences, Professor, Leading Researcher of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics Laboratory.

14, Mira St., St. Petersburg, 197101, Phone: +7 (812) 233-21-49.

onarvskaya@gmail.comФБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера»РоссияPasteur St. Petersburg Research Institute of Epidemiology and MicrobiologyRussian FederationФГБУ «Санкт-Петербургский НИИ фтизиопульмонолгии» МЗ РФРоссияSt. Petersburg Research Institute of PhthisiopulmonologyRussian FederationФБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера»; ФГБУ «Санкт-Петербургский НИИ фтизиопульмонолгии» МЗ РФРоссияPasteur St. Petersburg Research Institute of Epidemiology and Microbiology; St. Petersburg Research Institute of PhthisiopulmonologyRussian Federation2019170720199761622Copyright © Старкова Д.А., Журавлев В.Ю., Вязовая А.А., Соловьева Н.С., Куликова О.Н., Нарвская О.В., 20192019Старкова Д.А., Журавлев В.Ю., Вязовая А.А., Соловьева Н.С., Куликова О.Н., Нарвская О.В.Starkova D.A., Zhuravlev V.Y., Vyazovaya A.A., Solovieva N.S., Kulikova O.N., Narvskaya O.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1286Цель исследования

Цель исследования: анализ структуры и тенденций популяции нетуберкулезных микобактерий (НТМБ), вызывающих заболевания, на территориях Северо-Западного федерального округа Российской Федерации.

Материалы и методы

Материалы и методы. Проведена идентификация 745 клинических штаммов НТМБ. Все клинические штаммы НТМБ выделены при культивировании клинического материала (мокрота, промывные воды бронхов, жидкость бронхоальвеолярного лаважа, гной, кал, моча, операционный и биопсированный материал, венозная кровь при септических состояниях). В 23 случаях НТМБ выявлены посмертно. Культивирование микобактерий осуществляли на плотных питательных средах или в автоматизированной системе Bactec MGIT 960 BD USA. Видовую идентификацию рекультивированных штаммов микобактерий осуществляли с использованием тест-системы для идентификации НТМБ GenoType® Mycobacterium CM/AS (Hain Lifescience, Германия).

Результаты исследования

Результаты исследования. Анализ структуры популяции НТМБ, выделенных от больных микобактериозом на Северо-Западе России, за период 2012-2018 гг. показал в целом доминирование вида M. avium (56,4%). Однако выявлены территориальные особенности видового разнообразия НТМБ: в Республике Коми и Архангельской области преобладали M. lentiflavum и M. gordonae соответственно. В отличие от других регионов России, на территории Северо-Запада отмечен стабильно низкий̆ уровень выявляемости M. кansasii и M. xenopi. В Санкт-Петербурге и Ленинградской области в течение последних 12 лет отмечено увеличение разнообразия НТМБ у пациентов с разным иммунным статусом, но доля M. avium остается стабильно высокой, превышая 50%.

The objective of the study: to analyze the structure and trends in non-tuberculous mycobacteria (NTBM) population causing diseases in the North-Western Federal District of the Russian Federation.

Subjects and methods

Subjects and methods. 745 clinical NTBM strains were identified. All clinical strains of NTBM were isolated by culture from clinical samples (sputum, bronchial washings, bronchoalveolar lavage fluid, pus, stool, urine, surgical and biopsy specimens, and venous blood in case of sepsis). In 23 cases, NTBM were detected post mortem. Mycobacteria were cultured on solid media or by the automated system of Bactec MGIT 960 BD USA. Species of re-cultured mycobacteria were identified using the test system of GenoType® Mycobacterium CM/AS (Hain Lifescience, Germany).

Results

Results. Analysis of the structure of the NTBM population isolated from patients with mycobacteriosis in the North-West of Russia, for the period of 2012-2018 showed overall dominance of M. avium (56.4%). However, certain NTBM species were found to be prevailing in some regions: M. lentiflavum and M. gordonae dominated in the Komi Republic and Arkhangelsk respectively. Unlike other regions of Russia, in the North-Western region, there was a consistently low level of detection of M. кansasii and M. xenopi. For the last 12 years in Saint Petersburg and Leningrad region, the variety NTBM in patients with different immune status has been growing but the portion of M. avium remains to be stably high exceeding 50%.

нетуберкулезные микобактериивидовое разнообразиераспространенность на территорияхnon-tuberculous mycobacteriaspecies diversityprevalence in certain areasReferencesГунтупова Л. Д., Борисов С. Е., Соловьева И. П., Макарова М. В., Хачатурьянц Е. Н. Микобактериозы во фтизиопульмонологической практике: обзор литературы и собственный опыт // Практ. медицина. – 2011. – Т. 3, № 51. ‒ С. 39-50.Guntupova L.D., Borisov S.E., Solovieva I.P., Makarova M.V., Khachaturyants E.N. Mycobacterioses in phthisiopulmonary practice: literature review and personal experience. Prakt. Meditsina, 2011, vol. 3, no. 51, pp. 39-50. (In Russ.)Михайловский А. М., Чуркин С. А., Пашкова Н. А., Лепеха Л. Н. Частота выявления и особенности морфологии нетуберкулезного микобактериоза у больных на поздней стадии ВИЧ-инфекции (по данным Оренбургской области) // Туб. и болезни легких. – 2016. – Т. 94, № 12. – С. 57-61.Mikhaylovskiy А.M., Churkin S.А., Pashkova N.А., Lepekha L.N. Frequency of detection and specific morphology of non-tuberculosis mycobacteriosis in the patients with advanced stages of HIV (data from Orenburg Region). Tuberculosis and Lung Diseases, 2016, vol. 94, no. 12, pp. 57-61. (In Russ.)Скорняков С. Н., Шульгина М. В., Ариэль Б. М., Баласанянц Г. С., Вахрушева Д. В., Владимиров А. В., Галкин В. Б., Гринберг Л. М., Журавлев В. Ю., Кравченко М. А., Красноборова С. Ю., Мордык А. В., Петренко Т. И. Клинические рекомендации по этиологической диагностике туберкулеза // Медицинский альянс. ‒ 2014. ‒ № 3. ‒ С. 39-58.Skornyakov S.N., Shulgina M.V., Аriehl B.M., Balasanyants G.S., Vakhrusheva D.V., Vladimirov А.V., Galkin V.B., Grinberg L.M., Zhuravlev V. Yu., Kravchenko M.А., Krasnoborova S.Yu., Mordyk А.V., Petrenko T.I. Clinical recommendations of etiological diagnostics of tuberculosis. Meditsinskiy Alyans, 2014, no. 3, pp. 39-58. (In Russ.)Chen C. Y., Chen H. Y., Chou C. H., Huang C. T., Lai C. C., Hsueh P. R. Pulmonary infection caused by nontuberculous mycobacteria in a medical center in Taiwan, 2005-2008 // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. – 2012. – Vol. 72, № 1. ‒ P. 47-51. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2011.09.009.Chen C.Y., Chen H.Y., Chou C.H., Huang C.T., Lai C.C., Hsueh P.R. Pulmonary infection caused by nontuberculous mycobacteria in a medical center in Taiwan, 2005-2008. Diagn. Microbiol. Infect. Dis., 2012, vol. 72, no. 1, pp. 47-51. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2011.09.009.Corbett E. L., Blumberg L., Churchyard G. J., Moloi N., Mallory K., Clayton T., Williams B. G., Chaisson R. E., Hayes R. J., de Cock K. M. Nontuberculous mycobacteria: defining disease in a prospective cohort of South African miners // Am. J. Respir. Crit. Care Med. – 1999. – Vol. 160, № 1. – P. 15-21. doi: 10.1164/ajrccm.160.1.9812080.Corbett E.L., Blumberg L., Churchyard G.J., Moloi N., Mallory K., Clayton T., Williams B.G., Chaisson R.E., Hayes R.J., de Cock K.M. Nontuberculous mycobacteria: defining disease in a prospective cohort of South African miners. Am. J. Respir. Crit. Care Med., 1999, vol. 160, no. 1, pp. 15-21. doi: 10.1164/ajrccm.160.1.9812080.Falkinham III J. O. Surrounded by mycobacteria: nontuberculous mycobacteria in the human environment // J. Appl. Microbiol. – 2009. ‒ Vol. 107, № 2. – P. 356-367. doi: 10.1111/j.1365-2672.2009.Falkinham III J.O. Surrounded by mycobacteria: nontuberculous mycobacteria in the human environment. J. Appl. Microbiol., 2009, vol. 107, no. 2, pp. 356-367. doi: 10.1111/j.1365-2672.2009.Hoefsloot W., van Ingen J., Andrejak C., Angeby K., Bauriaud R., Bemer P., Beylis N., Boeree M. J., Cacho J., Chihota V., Chimara E., Churchyard G., Cias R., Daza R., Daley C. L., Dekhuijzen P. N., Domingo D., Drobniewski F., Esteban J., Fauville-Dufaux M., Folkvardsen D. B., Gibbons N., Gómez-Mampaso E., Gonzalez R., Hoffmann H., Hsueh P. R., Indra A., Jagielski T., Jamieson F., Jankovic M., Jong E., Keane J., Koh W. J., Lange B., Leao S., Macedo R., Mannsåker T., Marras T. K., Maugein J., Milburn H. J., Mlinkó T., Morcillo N., Morimoto K., Papaventsis D., Palenque E., Paez-Peña M., Piersimoni C., Polanová M., Rastogi N., Richter E., Ruiz-Serrano M. J., Silva A., da Silva M. P., Simsek H., van Soolingen D., Szabó N., Thomson R., Tórtola Fernandez T., Tortoli E., Totten S. E., Tyrrell G., Vasankari T., Villar M., Walkiewicz R., Winthrop K. L,. Wagner D. The geographic diversity of nontuberculous mycobacteria isolated from pulmonary samples // Eur. Respir. J. – 2013. – Vol. 42, № 6. – P. 1604-1613 doi: 10.1183/09031936.00149212.Hoefsloot W., van Ingen J., Andrejak C., Angeby K., Bauriaud R., Bemer P., Beylis N., Boeree M.J., Cacho J., Chihota V., Chimara E., Churchyard G., Cias R., Daza R., Daley C.L., Dekhuijzen P.N., Domingo D., Drobniewski F., Esteban J., Fauville-Dufaux M., Folkvardsen D.B., Gibbons N., Gómez-Mampaso E., Gonzalez R., Hoffmann H., Hsueh P.R., Indra A., Jagielski T., Jamieson F., Jankovic M., Jong E., Keane J., Koh W.J., Lange B., Leao S., Macedo R., Mannsåker T., Marras T.K., Maugein J., Milburn H.J., Mlinkó T., Morcillo N., Morimoto K., Papaventsis D., Palenque E., Paez-Peña M., Piersimoni C., Polanová M., Rastogi N., Richter E., Ruiz-Serrano M.J., Silva A., da Silva M.P., Simsek H., van Soolingen D., Szabó N., Thomson R., Tórtola Fernandez T., Tortoli E., Totten S.E., Tyrrell G., Vasankari T., Villar M., Walkiewicz R., Winthrop K.L., Wagner D. The geographic diversity of nontuberculous mycobacteria isolated from pulmonary samples. Eur. Respir. J., 2013, vol. 42, no. 6, pp. 1604-1613 doi: 10.1183/09031936.00149212.Imperiale B., Zumárraga M., Gioffré A., Di Giulio B., Cataldi A., Morcillo N. Disease caused by non-tuberculous mycobacteria: diagnostic procedures and treatment evaluation in the North of Buenos Aires Province // Rev. Argent. Microbiol. – 2012. – Vol. 44, № 1. – P. 3-9. doi: 10.1590/S0325-75412012000100002.Imperiale B., Zumárraga M., Gioffré A., Di Giulio B., Cataldi A., Morcillo N. Disease caused by non-tuberculous mycobacteria: diagnostic procedures and treatment evaluation in the North of Buenos Aires Province. Rev. Argent. Microbiol., 2012, vol. 44, no. 1, pp. 3-9. doi: 10.1590/S0325-75412012000100002.Liu H., Lian L., Jiang Y., Huang M., Tan Y., Zhao X., Zhang J., Yu Q., Liu J., Dong H., Lu B., Wu Y., Wan K. Identification of Species of Nontuberculous Mycobacteria Clinical Isolates from 8 Provinces of China // Biomed. Res. Int. – 2016. – Vol. 2016. ‒ 2016:2153910. doi: 10.1155/2016/2153910.Liu H., Lian L., Jiang Y., Huang M., Tan Y., Zhao X., Zhang J., Yu Q., Liu J., Dong H., Lu B., Wu Y., Wan K. Identification of Species of Nontuberculous Mycobacteria Clinical Isolates from 8 Provinces of China. Biomed. Res. Int., 2016, vol. 2016, 2016:2153910. doi: 10.1155/2016/2153910.Marras T. K., Mendelson D., Marchand-Austin A., May K., Jamieson F. B. Pulmonary nontuberculous mycobacterial disease, Ontario, Canada, 1998-2010. // Emerging Infectious Diseases. – 2013. ‒ Vol. 19, № 11. – P. 1889-1891. doi: 10.3201/eid1911.130737.Marras T. K., Mendelson D., Marchand-Austin A., May K., Jamieson F. B. Pulmonary nontuberculous mycobacterial disease, Ontario, Canada, 1998-2010. Emerging Infectious Diseases, 2013, vol. 19, no. 11, pp. 1889-1891. doi: 10.3201/eid1911.130737.Nishiuchi Y., Iwamoto T., Maruyama F. Infection sources of a common non-tuberculous mycobacterial pathogen, Mycobacterium avium Complex // Front. Med. – 2017. ‒ Vol. 4, Article 27. doi: 10.3389/fmed.2017.00027.Nishiuchi Y., Iwamoto T., Maruyama F. Infection sources of a common non-tuberculous mycobacterial pathogen, Mycobacterium avium Complex. Front. Med., 2017, vol. 4, Article 27. doi: 10.3389/fmed.2017.00027.Nunes-Costa D., Alarico S., Dalcolmo M. P., Correia-Neves M., Empadinhas N. The looming tide of nontuberculous mycobacterial infections in Portugal and Brazil // Tuberculosis (Edinb). – 2016. – Vol. 96. – P. 107-119. doi: 10.1016/j.tube.2015.09.006.Nunes-Costa D., Alarico S., Dalcolmo M. P., Correia-Neves M., Empadinhas N. The looming tide of nontuberculous mycobacterial infections in Portugal and Brazil. Tuberculosis (Edinb.), 2016, vol. 96, pp. 107-119. doi: 10.1016/j.tube.2015.09.006.Prevots D. R., Marras T. K. Epidemiology of human pulmonary infection with nontuberculous mycobacteria: a review // Clin. Chest. Med. – 2015. – Vol. 36, № 1. P. 13–34. doi: 10.1016/j.ccm.2014.10.002.Prevots D.R., Marras T.K. Epidemiology of human pulmonary infection with nontuberculous mycobacteria: a review. Clin. Chest Med., 2015, vol. 36, no. 1, pp. 13–34. doi: 10.1016/j.ccm.2014.10.002.Tan Y., Su B., Shu W., Cai X., Kuang S., Kuang H., Liu J., Pang Y. Epidemiology of pulmonary disease due to nontuberculous mycobacteria in Southern China, 2013-2016 // BMC Pulm. Med. – 2018. – Vol. 18, № 1. – P. 168. doi: 10.1186/s12890-018-0728-z.Tan Y., Su B., Shu W., Cai X., Kuang S., Kuang H., Liu J., Pang Y. Epidemiology of pulmonary disease due to nontuberculous mycobacteria in Southern China, 2013-2016. BMC Pulm. Med., 2018, vol. 18, no. 1, pp. 168. doi: 10.1186/s12890-018-0728-z.Thomson R. M. NTM working group at Queensland TB Control Centre and Queensland Mycobacterial Reference Laboratory. Changing epidemiology of pulmonary nontuberculous mycobacteria infections // Emerg. Infect. Dis. – 2010. ‒ Vol. 16, № 10. – Р. 1576-1583. doi: 10.3201/eid1610.091201.Thomson R.M. NTM working group at Queensland TB Control Centre and Queensland Mycobacterial Reference Laboratory. Changing epidemiology of pulmonary nontuberculous mycobacteria infections. Emerg. Infect. Dis., 2010, vol. 16, no. 10, pp. 1576-1583. doi: 10.3201/eid1610.091201.Umrao J., Singh D., Zia A., Saxena S., Sarsaiya S., Singh S., Khatoon J., Dhole T. N. Prevalence and species spectrum of both pulmonary and extrapulmonary nontuberculous mycobacteria isolates at a tertiary care center // Int. J. Mycobacteriol. – 2016. – Vol. 5, № 3. – P. 288-293. doi: 10.1016/j.ijmyco.2016.06.008.Umrao J., Singh D., Zia A., Saxena S., Sarsaiya S., Singh S., Khatoon J., Dhole T.N. Prevalence and species spectrum of both pulmonary and extrapulmonary nontuberculous mycobacteria isolates at a tertiary care center. Int. J. Mycobacteriol., 2016, vol. 5, no. 3, pp. 288-293. doi: 10.1016/j. ijmyco.2016.06.008.Wassilew N., Hoffmann H., Andrejak C., Lange C. Pulmonary disease caused by non-tuberculous mycobacteria // Respiration. – 2016. ‒ Vol. 91, № 5. – P. 386-402. doi: 10.1159/000445906.Wassilew N., Hoffmann H., Andrejak C., Lange C. Pulmonary disease caused by non-tuberculous mycobacteria. Respiration, 2016, vol. 91, no. 5, pp. 386-402. doi: 10.1159/000445906.Yoon H. J., Choi H. Y., Ki M. Nontuberculosis mycobacterial infections at a specialized tuberculosis treatment centre in the Republic of Korea // BMC Infect. Dis. – 2017. ‒ Vol. 17, № 1. ‒ P. 432. doi: 10.1186/s12879-017-2532-4.Yoon H.J., Choi H.Y., Ki M. Nontuberculosis mycobacterial infections at a specialized tuberculosis treatment centre in the Republic of Korea. BMC Infect. Dis., 2017, vol. 17, no. 1, ‒ P. 432. doi: 10.1186/s12879-017-2532-4.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.