tibljТуберкулез и болезни легкихTuberculosis and Lung Diseases2075-12302542-1506Медицинские знания и технологии10.58838/2075-1230-2023-101-4-40-45tiblj-1743Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESВнутривидовое разнообразие Mycobacterium abscessus, выделенных от пациентов с поражениями легкихIntraspecific Diversity of Mycobacterium abscessus Isolated from Patients with Pulmonary LesionsСмирноваТ. Г.SmirnovaT. G.

Смирнова Татьяна Геннадьевна - кандидат медицинских наук, заведующая отделом микробиологии.

107564, Москва, Яузская аллея, д. 2

Тел.: +7 (499) 785-90-91

Tatyana G. Smirnova - Candidate of Medical Sciences, Head of Microbiology Department.

2, Yauzskaya Alleya, Moscow, 107564

Phone: +7 (499) 785-90-91

s_tatka@mail.ruЧерноусоваЛ. Н.ChernousovaL. N.

Черноусова Лариса Николаевна - доктор биологических наук, профессор, заведующая лабораторией молекулярно-генетических методов исследования отдела микробиологии.

107564, Москва, Яузская аллея, д. 2

Тел.: +7 (499) 785-90-91

Larisa N. Chernousova - Doctor of Biological Sciences, Professor, Head of Laboratory of Molecular Genetic Research, Department of Microbiology.

2, Yauzskaya Alleya, Moscow, 107564

Phone: +7 (499) 785-90-91

lchernousova@mail.ruВарламовД. А.VarlamovD. A.

Варламов Дмитрий Александрович - научный сотрудник.

127550, Москва, Тимирязевская ул., д. 42

Тел.: +7 (495) 984-69-93 

Dmitry A. Varlamov – Researcher.

42, Timiryazevskaya St., Moscow, 127550

Phone: +7 (495) 984-69-93

dvarl@mail.ruСочивкоД. Г.SochivkoD. G.

Сочивко Дмитрий Гариевич - научный сотрудник.

127550, Москва, Тимирязевская ул., д. 42

Тел.: +7 (495) 984-69-93

Dmitry G. Sochivko – Researcher.

42, Timiryazevskaya St., Moscow, 127550

Phone: +7 (495) 984-69-93

d.sochivko@yandex.ruЭргешовА. Э.ErgeshovA. E.

Эргешов Атаджан Эргешович - член-корреспондент РАН, доктор медицинских наук, профессор, директор, профессор кафедры фтизиатрии и пульмонологии ФГБУ ВО «МГМСУ им. А.И. Евдокимова» МЗ РФ.

Москва

Тел.: +7 (499) 785-90-91

Atadzhan Е. Ergeshov - Correspondent Member of RAS, Doctor of Medical Sciences, Professor, Director, Professor of Phthisiology and Pulmonology Department, A. I. Yevdokimov Moscow State University of Medicine and Dentistry.

Moscow

Phone: +7 (499) 785-90-91

cniit@ctri.ruФГБНУ «Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза»РоссияCentral Tuberculosis Research InstituteRussian FederationФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии»РоссияAll-Russia Research Institute of Agricultural BiotechnologyRussian FederationФГБНУ «Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза»; ФГБУ ВО «Московский государственный медико-стоматологический университет им. А. И. Евдокимова» МЗ РФРоссияCentral Tuberculosis Research Institute; A.I. Yevdokimov Moscow State University of Medicine and Dentistry, Russian Ministry of HealthRussian Federation20232908202310144045Copyright © Смирнова Т.Г., Черноусова Л.Н., Варламов Д.А., Сочивко Д.Г., Эргешов А.Э., 20232023Смирнова Т.Г., Черноусова Л.Н., Варламов Д.А., Сочивко Д.Г., Эргешов А.Э.Smirnova T.G., Chernousova L.N., Varlamov D.A., Sochivko D.G., Ergeshov A.E.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1743Цель исследования

Цель исследования: провести внутривидовую дифференциацию штаммов M. abscessus, выделенных от пациентов с поражениями легких, с использованием молекулярно-генетических методов.

Результаты

Результаты. Внутривидовая дифференциация 164 культур M. abscessus от 114 пациентов без муковисцидоза показала, что в выборке доминировал подвид M. abscessus subsp. abscessus (90 пациентов из 114; 78,95%), на втором месте по частоте выявления шел M. abscessus subsp. massiliense (24/114; 21,05%). У 54 обследованных пациентов с муковисцидозом, выделяющих нетуберкулезные микобактерии, чаще всего выявляли M. abscessus (41 пациент из 54; 75,93%). Внутривидовая идентификация полученных изолятов M. abscessus, показала превалирование подвида M. abscessus subsp. abscessus (29/41; 70,73%) над M. abscessus subsp. massiliense (11/41; 26,83%). В одном случае был выявлен редкий M. abscessus subsp. bolletii (1/41; 2,44%).

The objective

The objective: to perform intraspecific differentiation of M. abscessus strains isolated from patients with pulmonary lesions using molecular genetic tests.

Results

Results. Intraspecific differentiation of 164 cultures of M. abscessus from 114 patients without cystic fibrosis showed that the subspecies M. abscessus subsp. dominated in the analysis set (90 of 114 patients; 78,95%), followed by M. abscessus subsp. massiliense (24/114; 21,05%). In 54 examined cystic fibrosis patients excreting non-tuberculous mycobacteria, M. abscessus was most often detected (41 patients out of 54; 75,93%). Intraspecific identification of the obtained M. abscessus isolates demonstrated the prevalence of the subspecies M. abscessus subsp. abscessus (29/41; 70,73%) over M. abscessus subsp. massiliense (11/41; 26,83%). In one case, a rare M. abscessus subsp. bolletii (1/41; 2,44%) was detected.

муковисцидознетуберкулезные микобактерииMycobacterium abscessusвнутривидовая идентификацияcystic fibrosisnontuberculous mycobacteriaMycobacterium abscessusintraspecific identificationReferencesГунтупова Л. Д., Борисов С. Е., Соловьева И. П., Макарова М. В., Хачатурьянц Е. Н. Микобактериозы во фтизиопульмонологической практике: обзор литературы и собственный опыт // Практическая медицина. - 2011. - №. 51. - С. 39-50.Guntupova L. D., Borisov S. E., Solovieva I. P., Makarova M. V., Khacha- turyants E. N. Mycobacterioses in phthisiopulmonary practice: literature review and personal experience. Prakticheskaya Meditsina, 2011, no. 51, pp. 39-50. (In Russ.)Смирнова Т. Г., Андреевская С. Н., Ларионова Е. Е., Андриевская И. Ю., Устинова В. В., Черноусова Л. Н. Мониторинг видового разнообразия нетуберкулезных микобактерий в ряде областей РФ с использованием ДНК-стрипов GenoType Mycobacterium CM/AS (Hain Lifescience, Германия) // Туберкулёз и болезни лёгких. - 2017. - Т. 95, № 5. - С. 54-59.Smirnova T. G., Andreevskaya S. N., Larionova E. E., Andrievskaya I Yu., Ustinova V. V., Chernousova L. N. Monitoring of species diversity of non-tuberculosis mycobacteria in the some Russian regions using DNA-strips of GenoType Mycobacterium CM/AS (HAIN LIFESCIENCE, Germany). Tuberculosis and Lung Diseases, 2017, vol. 95, no. 5, pp. 54-59. (In Russ.)Старкова Д. А., Журавлев В. Ю., Вязовая А. А., Соловьева Н. С., Куликова О. Н., Нарвская О. В. Видовое разнообразие нетуберкулезных микобактерий у больных микобактериозом на территориях Северо-Западного федерального округа России. // Туберкулёз и болезни лёгких. - 2019. - Т. 97, № 6. - С. 16-22.Starkova D. A., Zhuravlev V. Yu., Vyazovaya A. A., Solovieva N. S., Kulikova O. N., Narvskaya O. V. Species diversity of non-tuberculous mycobacteria in patients with mycobacteriosis in the North Western Federal District of Russia. Tuberculosis and Lung Diseases, 2019, vol. 97, no. 61, pp. 16-22. (In Russ.)Шмелев Е. И., Ковалевская М. Н., Эргешов А. Э., Черноусова Л. Н., Ларионова Е. Е. Микобактериозы в практике врача-пульмонолога: состояние проблемы // Практическая пульмонология. - 2016. - № 3. - С. 37-42.Shmelev E. I., Kovalevskaya M. N., Ergeshov A. E., Chernousova L. N., Lario-nova E. E. Mycobacterioses in the practice of a pulmonologist: state of the problem. Prakticheskaya Pulmonologiya, 2016, no. 3, pp. 37-42. (In Russ.)Adékambi T., Berger P., Raoult D., Drancourt M. rpoB gene sequence-based characterization of emerging non-tuberculous mycobacteria with descriptions of Mycobacterium bolletii sp. nov., Mycobacterium phocaicum sp. nov. and Mycobacterium aubagnense sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2006, vol. 56, no. 1, pp. 133-143.Adékambi T., Berger P., Raoult D., Drancourt M. rpoB gene sequence-based characterization of emerging non-tuberculous mycobacteria with descriptions of Mycobacterium bolletii sp. nov., Mycobacterium phocaicum sp. nov. and Mycobacterium aubagnense sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2006, vol. 56, no. 1, pp. 133-143.Adékambi T., Reynaud-Gaubert M., Greub G., Gevaudan M. J., La Scola B., Raoult D., Drancourt M. Amoebal coculture of «Mycobacterium massiliense» sp. nov. from the sputum of a patient with hemoptoic pneumonia. J Clin Microbiol., 2004, vol. 42, no. 12, pp. 5493-5501.Adékambi T., Reynaud-Gaubert M., Greub G., Gevaudan M. J., La Scola B., Raoult D., Drancourt M. Amoebal coculture of «Mycobacterium massiliense» sp. nov. from the sputum of a patient with hemoptoic pneumonia. J. Clin. Microbiol., 2004, vol. 42, no. 12, pp. 5493-5501.Aitken M. L., Burke W., McDonald G., Wallis C., Ramsey B., Nolan C. Nontuberculous mycobacterial disease in adult cystic fibrosis patients. Chest., 1993, vol. 103, no. 4, pp. 1096-1099.Aitken M. L., Burke W., McDonald G., Wallis C., Ramsey B., Nolan C. Nontuberculous mycobacterial disease in adult cystic fibrosis patients. Chest, 1993, vol. 103, no. 4, pp. pp. 1096-1099.Bryant J. M., Grogono D. M., Greaves D., Foweraker J., Roddick I., Inns T., Reacher M., Haworth C. S., Curran M. D., Harris S. R., Peacock S. J., Parkhill J., Floto R. A. Whole-genome sequencing to identify transmission of Mycobacterium abscessus between patients with cystic fibrosis: a retrospective cohort study. Lancet., 2013, vol. 4, no. 381, pp. 1551-1560.Bryant J. M., Grogono D. M., Greaves D., Foweraker J., Roddick I., Inns T., Reacher M., Haworth C. S., Curran M. D., Harris S. R., Peacock S. J., Parkhill J., Floto R. A. Whole-genome sequencing to identify transmission of Mycobacterium abscessus between patients with cystic fibrosis: a retrospective cohort study. Lancet, 2013, vol. 4, no. 381, pp. 1551-1560.Gupta R. S., Lo B., Son J. Phylogenomics and Comparative Genomic Studies Robustly Support Division of the Genus Mycobacterium into an Emended Genus Mycobacterium and Four Novel Genera. Front Microbiol., 2018, vol. 13, no. 9.Gupta R. S., Lo B., Son J. Phylogenomics and Comparative Genomic Studies Robustly Support Division of the Genus Mycobacterium into an Emended Genus Mycobacterium and Four Novel Genera. Front Microbiol., 2018, vol. 13, no. 9.Haworth C. S., Banks J., Capstick T., Fisher A. J., Gorsuch T., Laurenson I. F., Leitch A., Loebinger M. R., Milburn H. J., Nightingale M., Ormerod P., Shingadia D., Smith D., Whitehead N., Wilson R., Floto R. A. British Thoracic Society guidelines for the management of non-tuberculous mycobacterial pulmonary disease (NTM-PD). Thorax., 2017, vol. 72 (Suppl. 2), pp. 1-64.Haworth C. S., Banks J., Capstick T., Fisher A. J., Gorsuch T., Laurenson I. F., Leitch A., Loebinger M. R., Milburn H. J., Nightingale M., Ormerod P., Shingadia D., Smith D., Whitehead N., Wilson R., Floto R. A. British Thoracic Society guidelines for the management of non-tuberculous mycobacterial pulmonary disease (NTM-PD). Thorax, 2017, vol. 72, suppl. 2, pp. 1-64.Hjelte L., Petrini B., Kallenius G., Strandvik B. Prospective study of mycobacterial infections in patients with cystic fibrosis. Thorax., 1990, vol. 45, no. 5, pp. 397-400.Hjelte L., Petrini B., Kallenius G., Strandvik B. Prospective study of mycobacterial infections in patients with cystic fibrosis. Thorax, 1990, vol. 45, no. 5, pp. 397-400.Hoefsloot W., van Ingen J., Andrejak C., Angeby K., Bauriaud R., Bemer P., Beylis N., Boeree M. J., Cacho J., Chihota V., Chimara E., Churchyard G., Cias R., Daza R., Daley C. L., Dekhuijzen P. N., Domingo D., Drobniewski F., Esteban J., Fauville-Dufaux M., Folkvardsen D. B., Gibbons N., Gomez-Mampaso E., Gonzalez R., Hoffmann H., Hsueh P. R., Indra A., Jagielski T., Jamieson F., Jankovic M., Jong E., Keane J., Koh W. J., Lange B., Leao S., Macedo R., Mannsaker T., Marras T. K., Maugein J., Milburn H. J., Mlinko T., Morcillo N., Morimoto K., Papaventsis D., Palenque E., Paez-Pena M., Piersimoni C., Polanova M., Rastogi N., Richter E., Ruiz-Serrano M. J., Silva A., da Silva M. P., Simsek H., van Soolingen D., Szabo N., Thomson R., Tortola Fernandez T., Tortoli E., Totten S. E., Tyrrell G., Vasankari T., Villar M., Walkiewicz R., Winthrop K. L., Wagner D. Nontuberculous Mycobacteria Network European Trials Group. The geographic diversity of nontuberculous mycobacteria isolated from pulmonary samples: an NTM-NET collaborative study. Eur Respir J., 2013, vol. 42, no. 6, pp. 1604-1613.Hoefsloot W., van Ingen J., Andrejak C., Angeby K., Bauriaud R., Bemer P., Beylis N., Boeree M. J., Cacho J., Chihota V., Chimara E., Churchyard G., Cias R., Daza R., Daley C. L., Dekhuijzen P. N., Domingo D., Drobniewski F., Esteban J., Fauville-Dufaux M., Folkvardsen D. B., Gibbons N., Gomez-Mampaso E., Gonzalez R., Hoffmann H., Hsueh P. R., Indra A., Jagielski T., Jamieson F., Jankovic M., Jong E., Keane J., Koh W. J., Lange B., Leao S., Macedo R., Mannsaker T., Marras T. K., Maugein J., Milburn H. J., Mlinko T., Morcillo N., Morimoto K., Papaventsis D., Palenque E., Paez-Pena M., Piersimoni C., Polanova M., Rastogi N., Richter E., Ruiz-Serrano M. J., Silva A., da Silva M. P., Simsek H., van Soolingen D., Szabo N., Thomson R., Tortola Fernandez T., Tortoli E., Totten S. E., Tyrrell G., Vasankari T., Villar M., Walkiewicz R., Winthrop K. L., Wagner D. Nontuberculous Mycobacteria Network European Trials Group. The geographic diversity of nontuberculous mycobacteria isolated from pulmonary samples: an NTM-NET collaborative study. Eur. Respir. J., 2013, vol. 42, no. 6, pp. 1604-1613.Kusunoki S., Ezaki T. Proposal of Mycobacterium peregrinum sp. nov., nom. rev., and elevation of Mycobacterium chelonae subsp. abscessus (Kubica et al.) to species status: Mycobacterium abscessus comb. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1992, vol. no. 42, pp. 240-245.Kusunoki S., Ezaki T. Proposal of Mycobacterium peregrinum sp. nov., nom. rev., and elevation of Mycobacterium chelonae subsp. abscessus (Kubica et al.) to species status: Mycobacterium abscessus comb. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1992, vol. no. 42, pp. 240-245.Leão S. C., Tortoli E., Euzeby J. P., Garcia M. J. Proposal that Mycobacterium massiliense and Mycobacterium bolletii be united and reclassified as Mycobacterium abscessus subsp. bolletii comb. nov., designation of Mycobacterium abscessus subsp. abscessus subsp. nov. and emended description of Mycobacterium abscessus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2011, vol. 61, no. 9, pp. 2311-2313.Leão S. C., Tortoli E., Euzeby J. P, Garcia M. J. Proposal that Mycobacterium massiliense and Mycobacterium bolletii be united and reclassified as Mycobacterium abscessus subsp. bolletii comb. nov., designation of Mycobacterium abscessus subsp. abscessus subsp. nov. and emended description of Mycobacterium abscessus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2011, vol. 61, no. 9, pp. 2311-2313.Moore M., Frerichs J. B. An unusual acid-fast infection of the knee with subcutaneous, abscess-like lesions of the gluteal region; report of a case with a study of the organism, Mycobacterium abscessus, n. sp. J Invest Dermatol., 1953, vol. 20, no. 2, pp. 133-169.Moore M., Frerichs J. B. An unusual acid-fast infection of the knee with subcutaneous, abscess-like lesions of the gluteal region; report of a case with a study of the organism, Mycobacterium abscessus, n. sp. J. Invest. Dermatol., 1953, vol. 20, no. 2, pp. 133-169.Olivier K. N., Weber D. J., Wallace R. J. Jr, Faiz A. R., Lee J. H., Zhang Y., Brown-Elliot B. A., Handler A., Wilson R. W., Schechter M. S., Edwards L. J., Chakraborti S., Knowles M. R. Nontuberculous Mycobacteria in Cystic Fibrosis Study Group. Nontuberculous mycobacteria. I: multicenter prevalence study in cystic fibrosis. Am J Respir Crit Care Med., 2003, vol. 15, no. 6, pp. 828-834.Olivier K. N., Weber D. J., Wallace R. J. Jr., Faiz A. R., Lee J. H., Zhang Y., Brown-Elliot B. A., Handler A., Wilson R. W., Schechter M. S., Edwards L. J., Chakraborti S., Knowles M. R. Nontuberculous Mycobacteria in Cystic Fibrosis Study Group. Nontuberculous mycobacteria. I: multicenter prevalence study in cystic fibrosis. Am. J. Respir. Crit. Care Med., 2003, vol. 15, no. 6, pp. 828-834.Smirnova T., Ustinova V., Andreevskaya S., Larionova E., Kiseleva E., Chernousova L., Varlamov D., Sochivko D., Ergeshov A. Evaluation of a new assay for nontuberculous mycobacteria species identification in diagnostic material and cultures. Tuberculosis (Edinb). 2021, vol. 130, pp. 102124.Smirnova T., Ustinova V., Andreevskaya S., Larionova E., Kiseleva E., Chernousova L., Varlamov D., Sochivko D., Ergeshov A. Evaluation of a new assay for nontuberculous mycobacteria species identification in diagnostic material and cultures. Tuberculosis (Edinb.), 2021, vol. 130, pp. 102124.Tortoli E., Kohl T. A., Brown-Elliott B. A., Trovato A., Leao S. C., Garcia M. J., Vasireddy S., Turenne C. Y., Griffith D. E., Philley J. V., Baldan R., Campana S., Cariani L., Colombo C., Taccetti G., Teri A., Niemann S., Wallace R. J. Jr, Cirillo D. M. Emended description of Mycobacterium abscessus, Mycobacterium abscessus subsp. abscessus and Mycobacterium abscessus subsp. bolletii and designation of Mycobacterium abscessus subsp. massiliense comb. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2016, vol. 66, no. 11, pp. 4471-4479.Tortoli E., Kohl T. A., Brown-Elliott B. A., Trovato A., Leao S. C., Garcia M. J., Vasireddy S., Turenne C. Y., Griffith D. E., Philley J. V., Baldan R., Campana S., Cariani L., Colombo C., Taccetti G., Teri A., Niemann S., Wallace R. J. Jr., Cirillo D. M. Emended description of Mycobacterium abscessus, Mycobacterium abscessus subsp. abscessus and Mycobacterium abscessus subsp. bolletii and designation of Mycobacterium abscessus subsp. massiliense comb. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2016, vol. 66, no. 11, pp. 4471-4479.Ustinova V. V., Smirnova T. G., Sochivko D. G., Varlamov D. A., Larionova E. E., Andreevskaya S. N., Andrievskaya I. Yu., Kiseleva E. A., Chernousova L. N., Ergeshov A. New assay to diagnose and differentiate between Mycobacterium tuberculosis complex and nontuberculous mycobacteria. Tuberculosis., 2019, vol. 114, pp. 17-23.Ustinova V. V., Smirnova T. G., Sochivko D. G., Varlamov D. A., Larionova E. E., Andreevskaya S. N., Andrievskaya I. Yu., Kiseleva E. A., Chernousova L. N., Ergeshov A. New assay to diagnose and differentiate between Mycobacterium tuberculosis complex and nontuberculous mycobacteria. Tuberculosis, 2019, vol. 114, pp. 17-23.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.