tibljТуберкулез и болезни легкихTuberculosis and Lung Diseases2075-12302542-1506Медицинские знания и технологии10.58838/2075-1230-2026-104-3-26-38tiblj-1969Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESСравнительная характеристика генов антибиотикорезистентности в микробном сообществе фекалий здорового контроля и больных туберкулезом легких до и после противотуберкулезной терапииComparative Characteristics of Antibiotic Resistance Genes in the Fecal Microbial Community of Healthy Controls and Pulmonary Tuberculosis Patients before and after Antituberculosis Treatmenthttps://orcid.org/0000-0001-7729-7699ЮнусбаеваМ. М.YunusbaevaM. M.

Юнусбаева Миляуша Мусиевна, К. б. н., ведущий научный сотрудник лаборатории функциональной геномики

191036, Санкт-Петербург, Лиговский пр., д. 2-4;

Тел.+7(812) 775-75-55

Milyausha M. Yunusbaeva, PhD, Leading Researcher,Laboratory of Functional Genomics

2-4 Ligovsky pr., St. Petersburg, 191036;

Tel: +7(812) 775-75-55

milyausha_ufa@mail.ruБородинаЛ. Я.BorodinaL. Ya.

Бородина Лилия Явдатовна, Врач-фтизиатр высшей категории

450080, г. Уфа, ул. С. Агиша, д. 4;

Тел. +7 (347) 228-45-14

Liliya Y. Borodina, Phthisiologist of the Highest Category

4 S. Agisha St., Ufa, 450080;

Tel: +7 (347) 228-45-14

liliboro@mail.ruРяховскийС. С.RyakhovskyS. S.

Ряховский Сергей Сергеевич, Аспирант

197101, г. Санкт-Петербург, Кронверкский проспект, д. 49, литер. А;

Тел. + 7 (812) 480-04-80

Sergei S. Ryakhovsky, PhD Student

49, lit. A, Kronverksky Pr., St. Petersburg, 197101;

Tel. +7 (812) 480-04-80

gshock00160@gmail.comЮнусбаеваА. Б.YunusbayevaA. B.

Юнусбаева Алия Баязитовна, Инженер-исследователь, бакалавр

191036, Санкт-Петербург, Лиговский пр., д. 2-4;

Тел.+7(812) 775-75-55

Aliya B. Yunusbayeva, Research Engineer, Bachelor's degree

2-4 Ligovsky pr., St. Petersburg, 191036;

Tel: +7(812) 775-75-55

aliya_yunusbayeva@mail.ruАлтынбаевР. Ш.AltinbaevR. Sh.

Алтынбаев Радик Шамсутдинович, Инженер лаборатории нейрофизиологии обучения

117485, Москва, ул. Бутлерова, д. 5А;

Тел. + 7 ( 495) 334-70-00

Radick S. Altinbaev Engineer, Laboratory of Neurophysiology

5A Butlerova St., Moscow, 117485;

Tel. +7 (495) 334-70-00

neuroplast@ihna.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5354-8139СабироваД. М.SabirovaD. M.

Сабирова Дина Мизхатовна, Лаборант-исследователь лаборатории функциональной геномики

191036, Санкт-Петербург, Лиговский пр., д. 2-4;

Тел.+7(812) 775-75-55

Dina M. Sabirova, Laboratory Research Assistant, Laboratory of Functional Genomics

2-4 Ligovsky pr., St. Petersburg, 191036;

Tel: +7(812) 775-75-55

dinya.sabirova@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-6035-8763ЮнусбаевБ. Б.YunusbayevB. B.

Юнусбаев Баязит Булатович, К.б.н., ведущий научный сотрудник лаборатории функциональной геномики, старший научный сотрудник

191036, Санкт-Петербург, Лиговский пр., д. 2-4;

Тел.+7(812) 775-75-55

Bayazit B. Yunusbayev, PhD, Leading Researcher,Laboratory of Functional Genomics; Senior Researcher, Department of Genetics and Biotechnology

2-4 Ligovsky pr., St. Petersburg, 191036;

Tel: +7(812) 775-75-55

yunusbb@inbox.ruФГБУ «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии» МЗ РФРоссияSt. Petersburg Research Institute of Phthisiopulmonology, Ministry of Health of the Russian FederationRussian FederationГБУЗ «Республиканский клинический фтизиопульмонологический центр»РоссияRepublican Clinical Phthisiopulmonology CenterRussian FederationФГАОУ ВО «Национальный исследовательский университет ИТМО»РоссияITMO UniversityRussian FederationФГБУ «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии» МЗ РФ; ФГАОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического приборостроения»РоссияSt. Petersburg Research Institute of Phthisiopulmonology, Ministry of Health of the Russian Federation; St. Petersburg State University of Aerospace InstrumentationRussian FederationФГБУН «Институт высшей нервной деятельности и нейрофизиологии» РАНРоссияInstitute of Higher Nervous Activity and Neurophysiology of the Russian Academy of SciencesRussian FederationФГБУ «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии» МЗ РФ; ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный университет»РоссияSt. Petersburg Research Institute of Phthisiopulmonology, Ministry of Health of the Russian Federation; Saint-Petersburg State UniversityRussian Federation20261607202610432638Copyright © Юнусбаева М.М., Бородина Л.Я., Ряховский С.С., Юнусбаева А.Б., Алтынбаев Р.Ш., Сабирова Д.М., Юнусбаев Б.Б., 20262026Юнусбаева М.М., Бородина Л.Я., Ряховский С.С., Юнусбаева А.Б., Алтынбаев Р.Ш., Сабирова Д.М., Юнусбаев Б.Б.Yunusbaeva M.M., Borodina L.Y., Ryakhovsky S.S., Yunusbayeva A.B., Altinbaev R.S., Sabirova D.M., Yunusbayev B.B.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.tibl-journal.com/jour/article/view/1969Цель исследования

Цель исследования: изучение разнообразия и распределения генов антибиотикорезистентности в микробном сообществе фекалий больных туберкулезом легких и здорового контроля, а также анализ влияния длительной многокомпонентной химиотерапии на структуру резистома фекалий больных туберкулезом.

Материалы и методы

Материалы и методы. В работе использовали образцы метагеномной ДНК, полученной из фекальных образцов пациентов, больных туберкулезом легких, и здоровых добровольцев. Анализ метагеномных данных проводился с использованием пакетов программ microbiome среды R и базы данных по аннотации генов антибиотикорезистентности CARD.

Результаты исследования

Результаты исследования. Микробное сообщество фекалий пациентов с туберкулезом демонстрирует высокое разнообразие генов антибиотикорезистентности по сравнению со здоровым контролем. Противотуберкулезная терапия незначительно снижает разнообразие генов резистентности. Гены устойчивости к тетрациклинам являются наиболее распространенными в микробиоме кишечника, далее следуют гены устойчивости к линкозамидам, макролидам и аминогликозидам. Микробное сообщество фекалий больных туберкулезом дополнительно обогащено генами резистентности к фторхинолонам, аминокумаринам, бета-лактамным и пептидным антибиотикам. Основной резервуар генов резистентности здорового микробиома формируют представители филумов Bacteroidota и Bacillota, тогда как резистом фекалий больных туберкулезом в первую очередь определяют гены, аннотированные в Pseudomonadota (Escherichia, Klebsiella, Campylobacter, Citrobacter, Enterobacter, Shigella, Vibrio) и Bacillota (Staphylococcus, Streptococcus, Blautia, Lactobacillus, Eubacterium, Enterococcus). Попарное сравнение метагеномных данных больных туберкулезом до и после химиотерапии позволило выявить четыре гена: pmrA, Bado_rpoB_RIF, npmA и AAC(6')-Ib7, количество которых увеличилось на фоне противотуберкулезной терапии.

The objective

The objective: to investigate the diversity and distribution of antibiotic resistance genes within the fecal microbial community of patients with pulmonary tuberculosis (TB) compared to controls, and to analyze the impact of long-term multicomponent chemotherapy on the fecal resistome structure in TB patients.

Materials and methods

Materials and methods. Metagenomic DNA samples obtained from fecal specimens of pulmonary TB patients and healthy individuals were used in this study. The matagenomic data analysis was performed using the microbiome R package and the Comprehensive Antibiotic Resistance Gene Annotation Database (CARD)

Results

Results. The fecal microbial community of TB patients demonstrates high diversity of antibiotic resistance genes compared to healthy controls. TB therapy slightly reduces the diversity of resistance genes. Tetracycline resistance genes are the most abundant in the gut microbiome, followed by genes conferring resistance to lincosamides, macrolides, and aminoglycosides. The fecal microbial community of TB patients additionally harbors genes conferring resistance to fluoroquinolones, aminocoumarins, beta-lactam, and peptide antibiotics. In the healthy microbiome, the main reservoir of resistance genes is comprised of members of Bacteroidota and Bacillota phyla. In contrast, the fecal resistome of TB patients is primarily driven by genes annotated within Pseudomonadota (Escherichia, Klebsiella, Campylobacter, Citrobacter, Enterobacter, Shigella, Vibrio) and Bacillota (Staphylococcus, Streptococcus, Blautia, Lactobacillus, Eubacterium, Enterococcus). A pairwise comparison of metagenomic data of TB patients before and after chemotherapy identified four genes (pmrA, Bado_rpoB_RIF, npmA and AAC(6')-Ib7) whose abundance increased during TB treatment.

туберкулезрезистом кишечникамикробиомген устойчивости к антибиотикуантибиотикtuberculosisgut resistomemicrobiomeantibiotic resistance geneantibioticИсследование выполнено при финансовой поддержке гранта Российского научного фонда № 25-15-00133This research was supported by the Russian Science Foundation, grant № 25-15-00133.ReferencesBlanco-Míguez A., Beghini F., Cumbo F., McIver L.J., Thompson K.N., Zolfo M., Manghi P., Dubois L., Huang K.D., Thomas A.M., Nickols W.A., Piccinno G., Piperni E., Puncochar M., Valles-Colomer M., Tett A., Giordano F., Davies R., Wolf J., Berry S.E., Spector T.D., Franzosa E.A., Pasolli E., Asnicar F., Huttenhower C., Segata N. Extending and improving metagenomic taxonomic profiling with uncharacterized species using MetaPhlAn 4 // Nat Biotechnol. – 2023. – Vol. 41, № 11. – Р. 1633-1644. https://doi.org/10.1038/s41587-023-01688-w.Blanco-Míguez A., Beghini F., Cumbo F., McIver L.J., Thompson K.N., Zolfo M., Manghi P., Dubois L., Huang K.D., Thomas A.M., Nickols W.A., Piccinno G., Piperni E., Puncochar M., Valles-Colomer M., Tett A., Giordano F., Davies R., Wolf J., Berry S.E., Spector T.D., Franzosa E.A., Pasolli E., Asnicar F., Huttenhower C., Segata N. Extending and improving metagenomic taxonomic profiling with uncharacterized species using MetaPhlAn 4 // Nat Biotechnol. – 2023. – Vol. 41, № 11. – Р. 1633-1644. https://doi.org/ 10.1038/s41587-023-01688-wBrenwald N.P., Appelbaum P., Davies T., Gill M.J. Evidence for efflux pumps, other than PmrA, associated with fluoroquinolone resistance in Streptococcus pneumoniae // Clin Microbiol Infect. – 2003. – Vol. 9, № 2. – Р. 140-143. https://doi.org/10.1046/j.1469-0691.2003.00482.x.Brenwald N.P., Appelbaum P., Davies T., Gill M.J. Evidence for efflux pumps, other than PmrA, associated with fluoroquinolone resistance in Streptococcus pneumoniae // Clin Microbiol Infect. – 2003. – Vol. 9, № 2. – Р. 140-143. https://doi.org/10.1046/j.1469-0691.2003.00482.x.Chen S., Zhou Y., Chen Y., Gu J. fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor // Bioinformatics. – 2018. – Vol. 34, № 17. – Р. i884-i890. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty560Chen S., Zhou Y., Chen Y., Gu J. fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor // Bioinformatics. – 2018. – Vol. 34, № 17. – Р. i884-i890. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty560Crits-Christoph A., Hallowell H.A., Koutouvalis K., Suez J. Good microbes, bad genes? The dissemination of antimicrobial resistance in the human microbiome // Gut Microbes. – 2022. – Vol. 14, № 1. – Р. 2055944. https://doi.org/10.1080/19490976.2022.2055944.Crits-Christoph A., Hallowell H.A., Koutouvalis K., Suez J. Good microbes, bad genes? The dissemination of antimicrobial resistance in the human microbiome // Gut Microbes. – 2022. – Vol. 14, № 1. – Р. 2055944. https:// doi.org/10.1080/19490976.2022.2055944.Dahl K.H., Sundsfjord A. Transferable vanB2 Tn5382-containing elements in fecal streptococcal strains from veal calves // Antimicrob Agents Chemother. – 2003. – Vol. 47, № 8. – Р. 2579-2583. https://doi.org/10.1128/AAC.47.8.2579-2583.2003.Dahl K.H., Sundsfjord A. Transferable vanB2 Tn5382-containing elements in fecal streptococcal strains from veal calves // Antimicrob Agents Chemother. – 2003. – Vol. 47, № 8. – Р. 2579-2583. https://doi.org/10.1128/AAC.47.8.2579-2583.2003.Graham M., Ballard S.A., Grabsch E.A., Johnson P.D., Grayson M.L. High rates of fecal carriage of nonenterococcal vanB in both children and adults // Antimicrob Agents Chemother. – 2008. – Vol. 52, № 3. – Р. 1195-1197. https://doi.org/10.1128/AAC.00531-07.Graham M., Ballard S.A., Grabsch E.A., Johnson P.D., Grayson M.L. High rates of fecal carriage of nonenterococcal vanB in both children and adults // Antimicrob Agents Chemother. – 2008. – Vol. 52, № 3. – Р. 1195-1197. https://doi.org/10.1128/AAC.00531-07.Hall J.P.J., Brockhurst M.A., Harrison E. Sampling the mobile gene pool: innovation via horizontal gene transfer in bacteria // Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. – 2017. – Vol. 372, № 1735. – Р. 20160424. https://doi.org/10.1098/rstb.2016.0424.Hall J.P.J., Brockhurst M.A., Harrison E. Sampling the mobile gene pool: innovation via horizontal gene transfer in bacteria // Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. – 2017. – Vol. 372, № 1735. – Р. 20160424. https://doi.org/10.1098/rstb.2016.0424.Han M., Wang X., Zhang J., Su L., Ishaq H.M., Li D., Cui J., Zhao H., Yang F. Gut bacterial and fungal dysbiosis in tuberculosis patients // BMC Microbiol. – 2024. – Vol. 24, № 1. – Р. 141. https://doi.org/10.1186/s12866-024-03275-8.Han M., Wang X., Zhang J., Su L., Ishaq H.M., Li D., Cui J., Zhao H., Yang F. Gut bacterial and fungal dysbiosis in tuberculosis patients // BMC Microbiol. – 2024. – Vol. 24, № 1. – Р. 141. https://doi.org/10.1186/s12866-024-03275-8.Howden B.P., Holt K.E., Lam M.M., Seemann T., Ballard S., Coombs G.W., Tong S.Y., Grayson M.L., Johnson P.D., Stinear T.P. Genomic insights to control the emergence of vancomycin-resistant enterococci // mBio. – 2013. – Vol. 4, № 4. – Р. e00412-е00413. https://doi.org/10.1128/mBio.00412-13.Howden B.P., Holt K.E., Lam M.M., Seemann T., Ballard S., Coombs G.W., Tong S.Y., Grayson M.L., Johnson P.D., Stinear T.P. Genomic insights to control the emergence of vancomycin-resistant enterococci // mBio. – 2013. – Vol. 4, № 4. – Р. e00412-е00413. https://doi.org/10.1128/mBio.00412-13Hu Y., Yang X., Li J., Lv N., Liu F., Wu J., Lin I.Y., Wu N., Weimer B.C., Gao G.F., Liu Y., Zhu B. The Bacterial Mobile Resistome Transfer Network Connecting the Animal and Human Microbiomes // Appl Environ Microbiol. – 2016. – Vol. 82, № 22. – Р. 6672-6681. https://doi.org/10.1128/AEM.01802-16.Hu Y., Yang X., Li J., Lv N., Liu F., Wu J., Lin I.Y., Wu N., Weimer B.C., Gao G.F., Liu Y., Zhu B. The Bacterial Mobile Resistome Transfer Network Connecting the Animal and Human Microbiomes // Appl Environ Microbiol. – 2016. – Vol. 82, № 22. – Р. 6672-6681. https://doi.org/10.1128/AEM.01802-16Launay A., Ballard S.A., Johnson P.D., Grayson M.L., Lambert T. Transfer of vancomycin resistance transposon Tn1549 from Clostridium symbiosum to Enterococcus spp. in the gut of gnotobiotic mice // Antimicrob Agents Chemother. – 2006. – Vol. 50, № 3. – № 1054-1062. https://doi.org/10.1128/AAC.50.3.1054-1062.2006.Launay A., Ballard S.A., Johnson P.D., Grayson M.L., Lambert T. Transfer of vancomycin resistance transposon Tn1549 from Clostridium symbiosum to Enterococcus spp. in the gut of gnotobiotic mice // Antimicrob Agents Chemother. – 2006. – Vol. 50, № 3. – № 1054-1062. https://doi.org/10.1128/AAC.50.3.1054-1062.2006Li X., Stokholm J., Brejnrod A., Vestergaard G.A., Russel J., Trivedi U., Thorsen J., Gupta S., Hjelmsø M.H., Shah S.A., Rasmussen M.A., Bisgaard H., Sorensen S.J. The infant gut resistome associates with E. coli, environmental exposures, gut microbiome maturity, and asthma-associated bacterial composition // Cell Host Microbe. – 2021. – Vol. 29, № 6. – Р. 975-987. https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.03.017.Li X., Stokholm J., Brejnrod A., Vestergaard G.A., Russel J., Trivedi U., Thorsen J., Gupta S., Hjelmsø M.H., Shah S.A., Rasmussen M.A., Bisgaard H., Sorensen S.J. The infant gut resistome associates with E. coli, environmental exposures, gut microbiome maturity, and asthma-associated bacterial composition // Cell Host Microbe. – 2021. – Vol. 29, № 6. – Р. 975-987. https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.03.017.Lokesh D., Parkesh R., Kammara R. Bifidobacterium adolescentis is intrinsically resistant to antitubercular drugs // Sci Rep. – 2018. – № 8. – Р. 11897. https://doi.org/10.1038/s41598-018-30429-2.Lokesh D., Parkesh R., Kammara R. Bifidobacterium adolescentis is intrinsically resistant to antitubercular drugs // Sci Rep. – 2018. – № 8. – Р. 11897. https://doi.org/10.1038/s41598-018-30429-2.Ramirez M.S., Nikolaidis N., Tolmasky M.E. Rise and dissemination of aminoglycoside resistance: the aac(6')-Ib paradigm // Front Microbiol. – 2013. – Vol. 17, № 4. – Р. 121. https://doi.org/10.3389/fmicb.2013.00121.Ramirez M.S., Nikolaidis N., Tolmasky M.E. Rise and dissemination of aminoglycoside resistance: the aac(6')-Ib paradigm // Front Microbiol. – 2013. – Vol. 17, № 4. – Р. 121. https://doi.org/10.3389/fmicb.2013.00121.Smillie C.S., Smith M.B., Friedman J., Cordero O.X., David L.A., Alm E.J. Ecology drives a global network of gene exchange connecting the human microbiome // Nature. – 2011. – Vol. 480, № 7376. – Р. 241-244. https://doi.org/10.1038/nature10571.Smillie C.S., Smith M.B., Friedman J., Cordero O.X., David L.A., Alm E.J. Ecology drives a global network of gene exchange connecting the human microbiome // Nature. – 2011. – Vol. 480, № 7376. – Р. 241-244. https://doi.org/10.1038/nature10571.Smith C.J., Tribble G.D., Bayley D.P. Genetic elements of Bacteroides species: a moving story // Plasmid. – 1998. – Vol. 40, № 1. – Р. 12-29. https://doi.org/10.1006/plas.1998.1347.Smith C.J., Tribble G.D., Bayley D.P. Genetic elements of Bacteroides species: a moving story // Plasmid. – 1998. – Vol. 40, № 1. – Р. 12-29. https://doi.org/10.1006/plas.1998.1347.Sommer M.O.A., Dantas G., Church G.M. Functional characterization of the antibiotic resistance reservoir in the human microflora // Science. – 2009. – Vol. 325, № 5944. – Р. 1128-1131. https://doi.org/10.1126/science.1176950.Sommer M.O.A., Dantas G., Church G.M. Functional characterization of the antibiotic resistance reservoir in the human microflora // Science. – 2009. – Vol. 325, № 5944. – Р. 1128-1131. https://doi.org/10.1126/science.1176950.Stevens A.M., Shoemaker N.B., Li L.Y., Salyers A.A. Tetracycline regulation of genes on Bacteroides conjugative transposons // J Bacteriol. – 1993. – Vol. 175, № 19. – Р. 6134-6141. https://doi.org/10.1128/jb.175.19.6134-6141.1993.Stevens A.M., Shoemaker N.B., Li L.Y., Salyers A.A. Tetracycline regulation of genes on Bacteroides conjugative transposons // J Bacteriol. – 1993. – Vol. 175, № 19. – Р. 6134-6141. https://doi.org/10.1128/jb.175.19.6134-6141.1993.Stinear T.P., Olden D.C., Johnson P.D., Davies J.K., Grayson M.L. Enterococcal vanB resistance locus in anaerobic bacteria in human faeces // Lancet. – 2001. – Vol. 357, № 9259. – Р. 855-856. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(00)04206-9.Stinear T.P., Olden D.C., Johnson P.D., Davies J.K., Grayson M.L. Enterococcal vanB resistance locus in anaerobic bacteria in human faeces // Lancet. – 2001. – Vol. 357, № 9259. – Р. 855-856. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(00)04206-9.Tatusova T., Ciufo S., Fedorov B., O'Neill K., Tolstoy I. RefSeq microbial genomes database: new representation and annotation strategy // Nucleic Acids Res. – 2014. – Vol. 42, № 1. – Р. D553-D559. https://doi.org/10.1093/nar/gkt1274.Tatusova T., Ciufo S., Fedorov B., O'Neill K., Tolstoy I. RefSeq microbial genomes database: new representation and annotation strategy // Nucleic Acids Res. – 2014. – Vol. 42, № 1. – Р. D553-D559. https://doi.org/ 10.1093/nar/gkt1274.Vineis J.H., Reznikoff W.S., Antonopoulos D.A., Koval J., Chang E., Fallon B.R., Paul B.G., Morrison H.G., Sogin M.L. A novel conjugative transposon carrying an autonomously amplified plasmid // mBio. – 2024. – Vol. 15, № 2. – Р. e0278723. https://doi.org/10.1128/mbio.02787-23.Vineis J.H., Reznikoff W.S., Antonopoulos D.A., Koval J., Chang E., Fallon B.R., Paul B.G., Morrison H.G., Sogin M.L. A novel conjugative transposon carrying an autonomously amplified plasmid // mBio. – 2024. – Vol. 15, № 2. – Р. e0278723. https://doi.org/10.1128/mbio.02787-23.Wachino J., Shibayama K., Kurokawa H., Kimura K., Yamane K., Suzuki S., Shibata N., Ike Y., Arakawa Y. Novel plasmid-mediated 16S rRNA m1A1408 methyltransferase, NpmA, found in a clinically isolated Escherichia coli strain resistant to structurally diverse aminoglycosides //Antimicrob Agents Chemother. –2007. – Vol. 51, № 12. – Р. 4401-4409. doi: 10.1128/AAC.00926-07Wachino J., Shibayama K., Kurokawa H., Kimura K., Yamane K., Suzuki S., Shibata N., Ike Y., Arakawa Y. Novel plasmid-mediated 16S rRNA m1A1408 methyltransferase, NpmA, found in a clinically isolated Escherichia coli strain resistant to structurally diverse aminoglycosides //Antimicrob Agents Chemother. –2007. – Vol. 51, № 12. – Р. 4401-4409. doi: 10.1128/AAC.00926-07.Wingett S.W., Andrews S. FastQ Screen: A tool for multi-genome mapping and quality control // F1000Res. – 2018. – № 7. – Р. 1338. https://doi.org/10.12688/f1000research.15931.2Wingett S.W., Andrews S. FastQ Screen: A tool for multi-genome mapping and quality control // F1000Res. – 2018. – № 7. – Р. 1338. https://doi.org/10.12688/f1000research.15931.2.Wipperman M.F., Bhattarai S.K., Vorkas C.K., Maringati V.S., Taur Y., Mathurin L., McAulay K., Vilbrun S.C., Francois D., Bean J., Walsh K.F., Nathan C., Fitzgerald D.W., Glickman M.S., Bucci V. Gastrointestinal microbiota composition predicts peripheral inflammatory state during treatment of human tuberculosis // Nat Commun. – 2021. – Vol. 12, № 1. – Р. 1141. https://doi.org/10.1038/s41467-021-21475-yWipperman M.F., Bhattarai S.K., Vorkas C.K., Maringati V.S., Taur Y., Mathurin L., McAulay K., Vilbrun S.C., Francois D., Bean J., Walsh K.F., Nathan C., Fitzgerald D.W., Glickman M.S., Bucci V. Gastrointestinal microbiota composition predicts peripheral inflammatory state during treatment of human tuberculosis // Nat Commun. – 2021. – Vol. 12, № 1. – Р. 1141. https://doi.org/10.1038/s41467-021-21475-y.Yunusbaeva M., Borodina L., Terentyeva D., Bogdanova A., Zakirova A., Bulatov S., Altinbaev R., Bilalov F., Yunusbayev B. Excess fermentation and lactic acidosis as detrimental functions of the gut microbes in treatment-naive TB patients // Front Cell Infect Microbiol. – 2024. – № 14. – Р. 1331521. https://doi.org/10.3389/fcimb.2024.1331521Yunusbaeva M., Borodina L., Terentyeva D., Bogdanova A., Zakirova A., Bulatov S., Altinbaev R., Bilalov F., Yunusbayev B. Excess fermentation and lactic acidosis as detrimental functions of the gut microbes in treatment-naive TB patients // Front Cell Infect Microbiol. – 2024. – № 14. – Р. 1331521. https://doi.org/10.3389/fcimb.2024.1331521Yu Z., Shen X., Wang A., Hu C., Chen J. The gut microbiome: A line of defense against tuberculosis development // Front Cell Infect Microbiol. – 2023. – № 13. – Р. 1149679. https://doi.org/ 10.3389/fcimb.2023.1149679Yu Z., Shen X., Wang A., Hu C., Chen J. The gut microbiome: A line of defense against tuberculosis development // Front Cell Infect Microbiol. – 2023. – № 13. – Р. 1149679. https://doi.org/10.3389/fcimb.2023.1149679.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.