НОВОЕ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ДЛЯ ОБРАБОТКИ ДАННЫХ ПОЛНЫХ ГЕНОМОВ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА


https://doi.org/10.21292/2075-1230-2017-95-6-41-44

Полный текст:


Аннотация

В статье представлено  описание  разработанного  программного  обеспечения,  предназначенного для обработки данных полных геномов микобактерии туберкулеза человека.


Об авторах

М. В. Спринджук
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь

Спринджук Матвей Владимирович - научный сотрудник, разработчик программного обеспечения.

220012, Минск, ул. Сурганова, д. 6, тел.: +375 29 567 10 73



Л. П. Титов
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь

Титов Леонид Петрович - РНПЦ эпидемиологии и микробиологии, доктор медицинских наук, профессор, член-корреспондент НАН Беларуси, академик РАМН, заведующий лабораторией иммунологии и микробиологии.

220114, Минск, ул. Филимонова, д. 23. тел.: +375 29 626 58 66



О. М. Залуцкая
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь

Залуцкая Оксана  Михайловна - врач-бактериолог РНПЦ фтизиатрии  и пульмонологии.

220035, Минск, Долгиновский тракт, д. 157, тел.: +375 29 325 36 06



А. Е. Скрягин
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь

Cкрягин Александр Егорович - Белорусский государственный медицинский университет, кандидат медицинских наук, доцент кафедры анестезиологии и реаниматологии, врач-реаниматолог.

220116, Минск, пр. Дзержинского, д. 83, тел.: +375 29 679 98 71



А. М. Скрягина
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь

Скрягина  Алена Михайловна - доктор медицинских наук, профессор, заместитель директора РНПЦ фтизиатрии  и пульмонологии.

220035, Минск, Долгиновский тракт, д. 157, тел.: +375 29 184 07 83



Р. С. Сергеев
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь

Сергеев  Роман Сергеевич - научный сотрудник, математик.

220012, Минск, ул. Сурганова, д. 6, тел.: +375 29 557 41 67



Список литературы

1. Bradley P., Gordon N. C., Walker T. M., Dunn L., Heys S. et al. Corrigendum: Rapid antibiotic-resistance predictions from genome sequence data for Staphylococcus aureus and Mycobacterium tuberculosis // Nat. Commun. – 2016. – Vol. 7. – P. 11465.

2. Bradley P., Gordon N. C., Walker T. M., Dunn L., Heys S. et al. Rapid antibiotic-resistance predictions from genome sequence data for Staphylococcus aureus and Mycobacterium tuberculosis // Nat. Commun. – 2015. – Vol. 6. – P. 10063.

3. Burland T. G. DNASTAR's Lasergene sequence analysis software // Methods Mol. Biol. – 2000. – Vol. 132. – P. 71-91.

4. Cingolani P., Platts A., Wang le L., Coon M., Nguyen T. et al. A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3 // Fly (Austin). – 2012. – Vol. 6, № 2. – P. 80-92.

5. Clewley J. P. GENEMAN of LASERGENE // Methods Mol. Biol. – 1997. – Vol. 70. – P. 189-196.

6. Clewley J. P. Macintosh sequence analysis software. DNAStar's LaserGene // Mol. Biotechnol. – 1995. – Vol. 3, № 3. – P. 221-224.

7. Clewley J. P., Arnold C. MEGALIGN. The multiple alignment module of LASERGENE // Methods Mol. Biol. – 1997. – Vol. 70. – P. 119-129.

8. Downey T. Analysis of a multifactor microarray study using Partek genomics solution // Methods Enzymol. – 2006. – Vol. 411. – P. 256-70.

9. Farhat M. R., Sultana R., Iartchouk O., Bozeman S., Galagan J. et al. Genetic determinants of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis and their diagnostic value // Am. J. Respir. Crit. Care Med. – 2016. – P. 652-657.

10. Ford C., Yusim K., Ioerger T., Feng S., Chase M. et al. Mycobacterium tuberculosis – heterogeneity revealed through whole genome sequencing // Tuberculosis (Edinb). – 2012. – Vol. 92, № 3. – P. 194-201.

11. Ford C. B., Lin P. L., Chase M. R., Shah R. R., Iartchouk O. et al. Use of whole genome sequencing to estimate the mutation rate of Mycobacterium tuberculosis during latent infection // Nat. Genet. – 2011. – Vol. 43, № 5. – P. 482-486.

12. Gaifer Z., Babiker A., Rizavi D. Epidemiology of drug-resistant tuberculosis in a tertiary care center in Oman, 2006-2015 // Oman. Med. J. – 2017. – Vol. 32, № 1. – P. 36-40.

13. Gilbert G. L., Sintchenko V. The use of mycobacterial interspersed repetitive unit typing and whole genome sequencing to inform tuberculosis prevention and control activities // N S W Public Health Bull. – 2013. – Vol. 24, № 1. – P. 10-14.

14. Glynn J. R., Guerra-Assuncao J. A., Houben R. M., Sichali L., Mzembe T. et al. Whole genome sequencing shows a low proportion of tuberculosis disease is attributable to known close contacts in rural malawi // PLoS One. – 2015. – Vol. 10, № 7. – P. e0132840.

15. Grayson B. L., Aune T. M. A comparison of genomic copy number calls by Partek Genomics Suite, Genotyping Console and Birdsuite algorithms to quantitative PCR // BioData Min. – 2011. – Vol. 4. – P. 8.

16. Guthrie J. L., Gardy J. L. A brief primer on genomic epidemiology: lessons learned from Mycobacterium tuberculosis // Ann. N Y Acad Sci. – 2017. – Vol. 1388, № 1. – P. 59-77.

17. Hiltemann S., Mei H., de Hollander M., Palli I., van der Spek P. et al. CGtag: complete genomics toolkit and annotation in a cloud-based Galaxy // Gigascience. – 2014. – Vol. 3, № 1. – P. 1.

18. Madduri R. K., Sulakhe D., Lacinski L., Liu B., Rodriguez A. et al. Experiences Building Globus Genomics: A Next-Generation Sequencing Analysis Service using Galaxy, Globus, and Amazon Web Services // Concurr Comput. – 2014. – Vol. 26, № 13. – P. 2266-2279.

19. Pedersen B. S., Layer R. M., Quinlan A. R. Vcfanno: fast, flexible annotation of genetic variants // Genome Biol. – 2016. – Vol. 17, № 1. – P. 118.

20. Steiner A., Stucki D., Coscolla M., Borrell S., Gagneux S. KvarQ: targeted and direct variant calling from fastq reads of bacterial genomes // BMC Genomics. – 2014. – Vol. 15. – P. 881.


Дополнительные файлы

Для цитирования: Спринджук М.В., Титов Л.П., Залуцкая О.М., Скрягин А.Е., Скрягина А.М., Сергеев Р.С. НОВОЕ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ДЛЯ ОБРАБОТКИ ДАННЫХ ПОЛНЫХ ГЕНОМОВ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА. Туберкулез и болезни легких. 2017;95(6):41-44. https://doi.org/10.21292/2075-1230-2017-95-6-41-44

For citation: Sprindzhuk M.V., Titov L.P., Zаlutskаya O.M., Skryagin A.E., Skryaginа A.M., Sergeev R.S. NEW SOFTWARE FOR PROCESSING DATA OF ENTIRE GENOME OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS. Tuberculosis and Lung Diseases. 2017;95(6):41-44. (In Russ.) https://doi.org/10.21292/2075-1230-2017-95-6-41-44

Просмотров: 214

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2075-1230 (Print)
ISSN 2542-1506 (Online)