Коронавирусы – возбудители тяжелых респираторных заболеваний
https://doi.org/10.21292/2075-1230-2020-98-7-6-13
Аннотация
В обзоре приведен 61 источник литературы, посвященный молекулярным механизмам патогенности, особенностям инфекционного процесса и возможностям лабораторной диагностики коронавирусов, в том числе SARS-CoV-2 ‒ возбудителя COVID-19.
Об авторах
А. Е. Панова
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр фтизиопульмонологии и инфекционных заболеваний» МЗ РФ
Россия
Россия
Панова Анна Евгеньевна, заведующая отделением лабораторной диагностики,
заведующая научной лабораторией микробиологии
127473, Москва, ул. Достоевского, д. 4, корп. 2
И. Б. Куликова
Департамент организации экстренной медицинской помощи и управления рисками здоровью МЗ РФ
Россия
Россия
Куликова Инна Борисовна, директор
127994, ГСП-4, Москва, Рахмановский пер., д. 3.
Тел.: 8 (495) 627-24-84
Д. А. Лагуткин
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр фтизиопульмонологии и инфекционных заболеваний» МЗ РФ
Россия
Россия
Лагуткин Денис Анатольевич, младший научный сотрудник научной лаборатории
микробиологии
127473, Москва, ул. Достоевского, д. 4, корп. 2
Тел.: 8 (495) 688-41-85
А. С. Винокуров
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр фтизиопульмонологии и инфекционных заболеваний» МЗ РФ
Россия
Россия
Винокуров Анатолий Сергеевич, врач-бактериолог лаборатории клинической микробиологии
127473, Москва, ул. Достоевского, д. 4, корп. 2
Тел.: 8 (495) 688-41-85
М. В. Шульгина
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр фтизиопульмонологии и инфекционных заболеваний» МЗ РФ
Россия
Россия
Шульгина Марина Владимировна, советник директора по науке
127473, Москва, ул. Достоевского, д. 4, корп. 2
И. А. Васильева
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр фтизиопульмонологии и инфекционных заболеваний» МЗ РФ
Россия
Россия
Васильева Ирина Анатольевна, доктор медицинских наук, профессор, директор
127473, Москва, ул. Достоевского, д. 4, корп. 2
Список литературы
1. Баринов В. Е., Бояринцев В. В. Венозные тромботические осложнения как спутник новой коронавирусной инфекции COVID-19. Кремлевская медицина // Клинический вестник. ‒ 2020. ‒ № 2. ‒ С. 22-27. DOI: 10.26269/ayxs-2p77.
2. Веселова Е. И., Русских А. Е., Каминский Г. Д., Ловачева О. В., Самойлова А. Г., Васильева И. А. Новая коронавирусная инфекция // Туб. и болезни легких. ‒ 2020. ‒ Т. 98, № 4. ‒ С. 6-14. http://doi.org/10.21292/2075-1230-2020-98-4-6-14.
3. Львов Д. К., Колобухина Л. В., Дерябин П. Г. Коронавирусная инфекция. Тяжелый острый респираторный синдром // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. ‒ 2015. ‒ № 4. ‒ C. 35-42.
4. Никифоров В. В., Суранова Т. Г., Чернобровкина Т. Я., Янковская Я. Д., Бурова С. В. Новая коронавирусная инфекция (COVID-19): клиникоэпидемиологические аспекты // Архивъ внутренней медицины. ‒ 2020. ‒ Т. 10, № 2 (52). ‒ С. 87-93.
5. Пшеничная Н. Ю., Веселова Е. И., Семенова Д. А., Иванова С. С., Журавлев А. С. Covid-19 – Новая глобальная угроза человечеству // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. ‒ 2020. ‒ Т. 10, № 1. ‒ С. 6-13. DOI: 10.18565/epidem.2020.10.1.6-13.
6. Старшинова А. А., Кушнарева Е. А., Малкова А. М., Довгалюк И. Ф., Кудлай Д. А. Новая коронавирусная инфекция: особенности клинического течения, возможности диагностики, лечения и профилактики инфекции у взрослых и детей // Вопросы современной педиатрии. – 2020 – Т. 19, № 2. – С. 123–131. doi: 10.15690/vsp.v19i2.2105.
7. Ai T., Zhenlu Yang Z., Hongyan Hou H. et al. Correlation of chest CT and RT-PCR testing in coronavirus disease 2019 (COVID-19) in China: A report of 1014 cases // Radiology RSNA. ‒ 2020-- https://doi.org/10.1148/radiol.2020200642 (обращение 24.06.2020).
8. Baig A. M. Neurological manifestations in COVID-19 caused by SARS-CoV-2 // CNS Neuroscience and Therapeutics. ‒ 2020. ‒ № 5 (26). ‒ Р. 499-501.
9. Baud D., Qi X., Nielsen-Saines K., Musso D., Pomar L., Favre G. Real estimates of mortality following COVID-19 infection // Lancet Infect. Dis. ‒ 2020. ‒ № 20 (3099). ‒ Р. 30195.
10. Bertram S., Dijkman R., Habjan M., Heurich A., Gierer S. TMPRSS2 activates the human Coronavirus 229E for cathepsin-independent host cell entry and is expressed in viral target cells in the respiratory epithelium // J. Virology. ‒ 2013. ‒ № 11 (87). ‒ Р. 6150-6160.
11. Chan J. F.-W., Yip C. Ch.-Y., To K. K.-W. et al. Improved molecular diagnosis of COVID-19 by the novel, highly sensitive and specific COVID-19-RdRp/Hel Real-Time Reverse Transcription-PCR assay validated in vitro and with clinical specimens // J. Clin. Microbiol. ‒ 2020. ‒ № 58 (5). ‒ Р. e00310-20. DOI: 10.1128/JCM.00310-20.
12. Chu H., Chan J. F.-W., Yuen T. T.-T., Shuai H., Yuan S., Wang Y. Comparative tropism, replication kinetics, and cell damage profiling of SARS-CoV-2 and SARS-CoV with implications for clinical manifestations, transmissibility, and laboratory studies of COVID-19: an observational study // Lancet Microbe. ‒ 2020. ‒ № 20 (5247).
13. Corman V. M. , Landt O. , Kaiser M. et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR // EuroSurveill. ‒ 2020. ‒ № 25 (3). ‒ pii=2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045.
14. Day M. Covid-19: identifying and isolating asymptomatic people helped eliminate virus in Italian village // BMJ (Clinical research ed.). ‒ 2020. ‒ № 3 (368). ‒ Р. 1165.
15. Iba T. , Levy J. H. , Levi M., Thachil J. Coagulopathy in COVID-19 // J. Thromb. Haemost. ‒ 2020. ‒ Jun. 18;10.1111/jth.14975. doi: 10.1111/jth.14975.
16. Fehr A. R., Perlman S. Coronaviruses: An overview of their replication and pathogenesis // Coronaviruses: Methods and Protocols. ‒ 2015. ‒ № 1 (1282). ‒ Р. 1-23.
17. Fu S., Qu G., Guo S. et al. Applications of loop-mediated isothermal DNA amplification // Appl. Biochem. Biotechnol. ‒ 2011. ‒ № 163 (7). ‒ Р. 845-850. doi:10.1007/s12010-010-9088-8.
18. Gierer S., Bertram S., Kaup F. The spike protein of the emerging betacoronavirus emc uses a novel coronavirus receptor for entry, can be activated by tmprss2, and is targeted by neutralizing antibodies // J. Virology. ‒ 2013. ‒ № 10 (87). ‒ Р. 5502-5511.
19. Hamming I. Tissue distribution of ACE2 protein, the functional receptor for SARS Coronavirus // J. Pathol. ‒ 2004. ‒ № 2 (203). ‒ Р. 631-637.
20. He X., Lau E. H. Y., Wu P. et al. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19 // Nature Medicine. ‒ 2020. ‒ № 26. ‒ Р. 672-675/. https://doi.org/10.1038/s41591-020-0869-5.
21. Hoffmann M., Kleine-Weber H., Krueger N. The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 for entry into target cells // bioRxiv. ‒ 2020. ‒ Р. 2020.01.31.929042.
22. Huh H. J., Kim J. Y., Kwon H. J. et al. Performance evaluation of the PowerChek MERS (upE & ORF1a) Real-Time PCR Kit for the detection of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus RNA // Ann. Lab. Med. ‒ 2017. ‒ № 37 (6). ‒ Р. 494-498. doi:10.3343/alm.2017.37.6.494.
23. Jia H. P., Look D. C., Shi L. ACE2 receptor expression and severe acute respiratory syndrome coronavirus infection depend on differentiation of human airway epithelia // J. Virology. ‒ 2005. ‒ № 23 (79). ‒ Р. 14614-14621.
24. Kabbani N., Olds J. L. Does COVID19 infect the brain? If so, smokers might be at a higher risk // Molecular Pharmacology. ‒ 2020. ‒ № 5 (97). ‒ Р. 351-353.
25. Kandeel M., Ibrahim A., Fayez M., Al-Nazawi M. From SARS and MERS CoVs to SARS-CoV-2: Moving toward more biased codon usage in viral structural and nonstructural genes// J. Med. Virol. ‒ 2020. ‒ № 92 (6). ‒ Р. 660-666. doi:10.1002/jmv.25754.
26. Keeling M. J., Grenfell B. T. Individual-based perspectives on R0 // J. Theoretical Biology. ‒ 2000. ‒ № 1 (203). ‒ Р. 51-61.
27. Laporte M., Naesens L. Airway proteases: an emerging drug target for influenza and other respiratory virus infections // Current Opinion in Virology. ‒ 2017. ‒ № 24. ‒ Р. 16-24.
28. Lee M. S., Lin Y. C., Lai G. H., Lai S. Y., Chen H. J., Wang M. Y. One-step reverse-transcription loop-mediated isothermal amplification for detection of infectious bursal disease virus // Can. J. Vet. Res. ‒ 2011. ‒ № 75 (2). ‒ Р. 122-127.
29. Letko M., Marzi A., Munster V. Functional assessment of cell entry and receptor usage for SARS-CoV-2 and other lineage B betacoronaviruses // Nature Microbiology. ‒ 2020. ‒ № 4 (5). ‒ Р. 562-569.
30. Liu Y., Gayle A. A., Wilder-Smith A. The reproductive number of COVID-19 is higher compared to SARS coronavirus // J. Travel Med. ‒ 2020. ‒ № 2 (27). ‒ Р. 1-4.
31. Liu R., Han H., Liu F. et al. Positive rate of RT-PCR detection of SARS-CoV-2 infection in 4880 cases from one hospital in Wuhan, China // Clinica Chimica Acta. ‒ 2020. ‒ № 505. 10.1016/j.cca.2020.03.009.
32. Magro C., Mulvey J. J., Berlin D., Nuovo G., Salvatore S., Harp J., Baxter-Stoltzfus A., Laurence J. Complement associated microvascular injury and thrombosis in the pathogenesis of severe COVID-19 infection: a report of five cases // Transl Res. ‒ 2020. ‒ № 220. ‒ Р. 1-13. doi: 10.1016/j.trsl.2020.04.007.
33. Masters P. S. The molecular biology of coronaviruses // Advances in Virus Research. ‒ 2006. ‒ № 6 (65). ‒ Р. 193-292.
34. Menon P. K., Kapila K., Ohri V. C. Polymerase chain reaction and advances in infectious disease diagnosis // Med. J. Armed. Forces India. ‒ 1999. ‒ № 55 (3). ‒ Р. 229-231. doi:10.1016/S0377-1237(17)30450-1.
35. Mizumoto K., Kagaya K., Zarebski A. Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020 // Eurosurveillance. ‒ 2020. ‒ № 10 (25). ‒ Р. 1-5.
36. Pan Y., Zhang D., Yang P. Viral load of SARS-CoV-2 in clinical samples // Lancet Infectious Diseases. ‒ 2020. ‒ № 4 (20). ‒ Р. 411-412.
37. Ramanathan K., Antognini D., Combes A. How will country-based mitigation measures influence the course of the COVID-19 epidemic? // Lancet. ‒ 2020. ‒ № 3 (395). ‒ Р. 931-934.
38. Reusken C. B. E. M., Broberg E. K., Haagmans B. et al. Laboratory readiness and response for novel coronavirus (2019-nCoV) in expert laboratories in 30 EU/EEA countries // EuroSurveill. ‒ 2020. ‒ 25(6):pii=2000082. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES. 2020.25.6.2000082.
39. Rice G. I., Thomas D. A., Grant P. J. Evaluation of angiotensin-converting enzyme (ACE), its homologue ACE2 and neprilysin in angiotensin peptide metabolism // Biochemical J. ‒ 2004. ‒ № 1 (383). ‒ Р. 45-51.
40. Ruan Q., Yang K., Wang W. Clinical predictors of mortality due to COVID-19 based on an analysis of data of 150 patients from Wuhan, China // Intens. Care Med. ‒ 2020.
41. Serology-based tests for COVID-19 // John Hopkins Bloomberg School of Public Health. Centre for health security [электронный ресурс] //https://www.centerforhealthsecurity.org/resources/COVID-19/serology/Serology-basedtests-for-COVID-19.html (обращение 18.05.2020).
42. Sethuraman N., Jeremiah S. S., Ryo A. Interpreting diagnostic tests for SARS-CoV-2 // JAMA. ‒ 2020. ‒ № 323 (22). ‒ P. 2249-2251. doi:10.1001/jama.2020.8259.
43. Shen B., Zheng Y., Zhang X. et al. Clinical evaluation of a rapid colloidal gold immunochromatography assay for SARS-Cov-2 IgM/IgG // Am. J. Transl. Res. ‒ 2020. ‒ № 12 (4). ‒ P. 1348-1354.
44. Shirato K., Kawase M., Matsuyama S. Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Infection Mediated by the Transmembrane Serine Protease TMPRSS2 // J. Virology. ‒ 2013. ‒ № 23 (87). ‒ Р. 12552-12561.
45. Tang X., Wu Ch., Li X. et al. On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2 National Science Review, nwaa036, 26 p. https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa036.
46. Tichopad A., Kitchen R., Riedmaier I., Becker C., Ståhlberg A., Kubista M. Design and optimization of reverse-transcription quantitative PCR experiments // Clin. Chem. ‒ 2009. ‒ № 55 (10). ‒ Р. 1816-1823. doi:10.1373/clinchem.2009.126201.
47. To K. K. W., Tsang O. T. Y., Leung W. S. Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study // Lancet Infect. Dis. ‒ 2020. ‒ № 5 (20). ‒ Р. 565-574.
48. Walls A. C., Park Y. J., Tortorici M. A. Structure, function, and antigenicity of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein // Cell. ‒ 2020. ‒ № 2 (181). ‒ Р. 281-292.
49. Wang H., Li X., Li T. et al.The genetic sequence, origin and diagnosis of SARS-CoV-2 // Eur. J. Clin. Microbiol. Inf. Dis. ‒ 2020. ‒ Р. 1-7. Advance online publication. https://doi.org/10.1007/s10096-020-03899-4.
50. Weiss P., Murdoch D. R. Clinical course and mortality risk of severe COVID-19 // Lancet. ‒ 2020. ‒ № 10229 (395). ‒ Р. 1014-1015.
51. WHO Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard/ [электронный ресурс] // URL: https://covid19.who.int/?gclid=CjwKCAjwwYP2BRBGEiwAkoBpAlnhE04LXmxyA-81JraG1LnxYH4G5mgXp2_0x6sgO_PDSlAFwVi2JhoCemQQAvD_BwE (обращение 18.05.2020).
52. World Health organization Laboratory Testing for Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Interim recommendations September 2013 [электронный ресурс] // URL:https://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/MERS_Lab_recos_16_Sept_2013.pdf (обращение 18.05.2020).
53. World Health Organization. MERS situation update, January 2020 [электронный ресурс] // URL:http://www.emro.who.int/pandemic-epidemic-diseases/mers-cov/mers-situation-update-january-2020.html (обращение 18.05.2020).
54. World Health organization.COVID-19 strategy update. 14 April 2020, 15 p. [электронный ресурс] // URL:https://www.who.int/docs/defaultsource/coronaviruse/covid-strategy-update-14april2020.pdf?sfvrsn=29da3ba0_19 (обращение 18.05.2020).
55. Xiang F., Wang X., He X. et al. Antibody detection and dynamic characteristics in patients with COVID-19 // Clin. Infect. Dis. ‒ 2020-ciaa461. doi:10.1093/cid/ciaa461.
56. Yan R., Zhang Y., Li Y. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2 // Science. ‒ 2020. ‒ № 6485 (367). ‒ Р. 1444-1448.
57. Yang Y., Yang M., Shen C. et al. Evaluating the accuracy of different respiratory specimens in the laboratory diagnosis and monitoring the viral shedding of 2019-nCoV infections // medRxiv-2020. DOI: http:10.1101/2020.02.11.200 21493v2.
58. Ye Q., Wang B., Mao J. The pathogenesis and treatment of the "Cytokine Storm" in COVID-19 // J. Infection. ‒ 2020. ‒ № 6 (80). ‒ Р. 607-613.
59. Yu F., Yan L., Wang N. et al. Quantitative detection and viral load analysis of SARS-CoV-2 in infected patients // Clin. Infect. Dis. ‒ 2020.-ciaa345. doi: http 10.1093/cid/ciaa345.
60. Zhang Y.-Z., Holmes E. C. A genomic perspective of the origin and emergence of SARS-CoV-2 // Cell. ‒ 2020. ‒ № 181. ‒ P. 223-227.
61. Zheng Y. Y., Ma Y. T., Zhang J. Y. COVID-19 and the cardiovascular system // Nature Reviews Cardiology. ‒ 2020. ‒ № 5 (17). ‒ P. 259-260.
62. Zhou P., Yang X. Lou, Wang X. G. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin // Nature. ‒ 2020. ‒ № 7798 (579). ‒ P. 270-273.
Рецензия
Для цитирования:
Панова А.Е., Куликова И.Б., Лагуткин Д.А., Винокуров А.С., Шульгина М.В., Васильева И.А. Коронавирусы – возбудители тяжелых респираторных заболеваний. Туберкулез и болезни легких. 2020;98(7):6-13. https://doi.org/10.21292/2075-1230-2020-98-7-6-13
For citation:
Panova А.E., Kulikova I.B., Lagutkin D.А., Vinokurov А.S., Shulgina M.V., Vasilyeva I.А. Coronaviruses as causative agents of severe respiratory diseases. Tuberculosis and Lung Diseases. 2020;98(7):6-13. (In Russ.) https://doi.org/10.21292/2075-1230-2020-98-7-6-13
Просмотров: 911
Послать статью по эл. почте 