Количественный анализ уровня вирусной нагрузки SARS-CoV-2 в легких умерших пациентов с COVID-19
https://doi.org/10.21292/2075-1230-2021-99-11-7-15
Аннотация
Цель исследования: провести у умерших пациентов с COVID-19 количественный анализ уровня вирусной нагрузки (ВН) SARS-CoV-2 в тканях легких и оценку его связи с характером гистологических изменений в легких и продолжительностью пребывания в ОРИТ до наступления летального исхода.
Материалы и методы. В качестве материала использованы срезы фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей легких 36 умерших пациентов с COVID-19. Количественная оценка уровня ВН SARS-CoV-2 проведена с использованием оригинального способа кПЦР РВ. ВН рассчитана по формуле: число копий SARS-CoV-2/число копий ABL1 × 100, выражена отношением истинного числа копий кДНК SARS-CoV-2 на 100 копий кДНК гена ABL1.
Результаты. В случаях с отсутствием комплекса гистологических изменений, характерных для диффузного альвеолярного повреждения легких (ДАП), частота выявления РНК SARS-CoV-2 и средний уровень ВН SARS-CoV-2 составили 62,5% (5 из 8 наблюдений) и 104,75 (диапазон 0-313) копий кДНК SARS-CoV-2 на 100 копий кДНК человеческой гена ABL1. Средний уровень ВН SARS-CoV-2 в легких с преобладанием гистологических изменений, характерных для пролиферативной и экссудативной фазы ДАП, отличался в 60 раз и составил 909 (18-2 657) и 54 924 (834-250 281) копий кДНК SARS-CoV-2 на 100 копий кДНК человеческой ABL1 соответственно. Среднее время, проведенное в отделении реанимации и интенсивной терапии у группы пациентов с экссудативной и пролиферативной фазами ДАП, составляло 10,64 (1-22) и 8,14 (1-21) койко-дня соответственно. Частота выявления РНК SARS-CoV-2 у пациентов с ДАП легких составила 100%.
Об авторах
А. А. Одилов
ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов»
Россия
Россия
Одилов Акмалжон Адхамжонович – ординатор кафедры патологической анатомии медицинского института.
117198, Москва, ул. Миклухо-Маклая, д. 6.
А. В. Волков
ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов»;
ГБУЗ «Городская клиническая больница им. Е. О. Мухина» ДЗМ
Россия
Россия
Волков Алексей Вадимович – доктор медицинских наук, доцент кафедры патологической анатомии медицинского института.
117198, Москва, ул. Миклухо-Маклая, д. 6.
А. О. Абдуллаев
ФГБУ «Национальный исследовательский центр гематологии» МЗ РФ
Россия
Россия
Абдуллаев Адхамжон Одилович – кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной гематологии.
125167, Москва, Новый Зыковский проезд, д. 4.
А. Б. Судариков
ФГБУ «Национальный исследовательский центр гематологии» МЗ РФ
Россия
Россия
Судариков Андрей Борисович – доктор биологических наук,
заведующий лабораторией молекулярной гематологии.
125167, Москва, Новый Зыковский проезд, д. 4.
И. И. Бабиченко
ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов»
Россия
Россия
Бабиченко Игорь Иванович – доктор медицинских наук, профессор, заведующий кафедрой патологической анатомии медицинского института.
117198, Москва, ул. Миклухо-Маклая, д. 6.
Список литературы
1. Самсонова М. В., Черняев А. Л., Омарова Ж. Р., Першина Е. А., Мишнев О. Д., Зайратьянц О. В., Михалева Л. М., Калинин Д. В., Варясин В. В., Тишкевич О. А., Виноградов С. А., Михайличенко К. Ю., Черняк А. В. Особенности патологической анатомии легких при COVID-19 // Пульмонология. ‒ 2020. ‒ Т. 30, № 5. ‒ С. 519-532. https://doi.org/10.18093/0869-0189-2020-30-5-519-532.
2. Abdulrahman A., Mallah S. I., Alqahtani M. COVID-19 viral load not associated with disease severity: findings from a retrospective cohort study // BMC Infect. Dis. ‒ 2021. ‒ № 21. ‒ Р. 688. https://doi.org/10.1186/s12879-021-06376-1.
3. Adachi T., Chong J. M., Nakajima N. et al. Clinicopathologic and immunohistochemical findings from autopsy of patient with COVID-19, Japan // Emerg. Infect. Dis. ‒ 2020. ‒ Vol. 26, № 9. ‒ Р. 2157-2161. doi:10.3201/eid2609.201353.
4. Aquino-Jarquin G. The raw cycle threshold values from reverse-transcription polymerase chain reaction detection are not viral load quantitation units // Clin. Infect. Dis. ‒ 2021. ‒ Vol. 72, № 8. ‒ Р. 1489-1490. doi:10.1093/cid/ciaa830.
5. Biguenet A., Bouiller K., Marty-Quinternet S., Brunel A. S., Chirouze C., Lepiller Q. SARS-CoV-2 respiratory viral loads and association with clinical and biological features // J. Med. Virol. ‒ 2021. ‒ Vol. 93, № 3. ‒ Р. 1761-1765. doi:10.1002/jmv.26489.
6. Borczuk A. C. Pulmonary pathology of COVID-19: a review of autopsy studies // Curr. Opin. Pulm. Med. ‒ 2021. ‒ Vol. 27, № 3. ‒ Р. 184-192. doi:10.1097/MCP.0000000000000761.
7. Bradley B. T., Maioli H., Johnston R. et al. Histopathology and ultrastructural findings of fatal COVID-19 infections in Washington State: a case series [published correction appears in Lancet. 2020 Aug 1;396(10247):312] // Lancet. ‒ 2020. ‒ Vol. 396 (10247). ‒ Р. 320-332. doi:10.1016/S0140-6736(20)31305-2.
8. Dahdouh E., Lázaro-Perona F., Romero-Gómez M. P., Mingorance J., García-Rodriguez J. Ct values from SARS-CoV-2 diagnostic PCR assays should not be used as direct estimates of viral load // J. Infect. ‒ 2021. ‒ Vol. 82, № 3. ‒ Р. 414-451. doi:10.1016/j.jinf.2020.10.017.
9. Duarte-Neto A. N., Monteiro R. A. A., da Silva L. F. F. et al. Pulmonary and systemic involvement in COVID-19 patients assessed with ultrasound-guided minimally invasive autopsy // Histopathology. ‒ 2020. ‒ Vol. 77, № 2. ‒ Р. 186-197. doi:10.1111/his.14160.
10. Heinrich F., Sperhake J. P., Heinemann A. et al. Germany's first COVID-19 deceased: a 59-year-old man presenting with diffuse alveolar damage due to SARS-CoV-2 infection // Virchows Arch. – 2020. ‒ Vol. 477. ‒ Р. 335-339.
11. Hirschbühl K., Dintner S., Beer M. et al. Viral mapping in COVID-19 deceased in the Augsburg autopsy series of the first wave: A multiorgan and multimethodological approach // PLoS One. ‒ 2021. ‒ Vol. 16, № 7. ‒ Р. e0254872. Published 2021 Jul 19. doi:10.1371/journal.pone.0254872.
12. Machado A., Salvador P., Oliveira P. et al. The impact of SARS-CoV-2 viral load on the mortality of hospitalized patients: a retrospective analysis // Cureus. ‒ 2021. ‒ Vol. 13, № 7. ‒ Р. e16540. doi:10.7759/cureus.16540.
13. Magleby R., Westblade L. F., Trzebucki A., Simon M. S., Rajan M., Park J. et al. Impact of SARS-CoV-2 viral load on risk of intubation and mortality among hospitalized patients with coronavirus disease 2019 // Clin. Infect. Dis. ‒ 2020. doi: 10.1093/cid/ciaa851 [Epub ahead of print].
14. Massoth L. R., Desai N., Szabolcs A. et al. Comparison of RNA in situ hybridization and immunohistochemistry techniques for the detection and localization of SARS-CoV-2 in human tissues // Am. J. Surg. Pathol. ‒ 2021. ‒ Vol. 45, № 1. ‒ Р. 14-24. doi:10.1097/PAS.0000000000001563.
15. Puelles V. G., Lütgehetmann M., Lindenmeyer M. T. et al. Multiorgan and renal tropism of SARS-CoV-2 // N. Engl. J. Med. ‒ 2020. ‒ Vol. 383, № 6. ‒ Р. 590-592. doi:10.1056/NEJMc2011400.
16. Pujadas E., Chaudhry F., McBride R., Richter F., Zhao S., Wajnberg A., Nadkarni G., Glicksberg B. S., Houldsworth J., Cordon-Cardo C. SARS-CoV-2 viral load predicts COVID-19 mortality // Lancet Respir. Med. ‒ 2020. ‒ Vol. 8, № 9. ‒ Р. e70.
17. Rao S. N., Manissero, D., Steele V. R., Pareja J. A narrative systematic review of the clinical utility of cycle threshold values in the context of COVID-19 // Infect. Dis. Ther. ‒ 2020. ‒ Vol. 9. ‒ Р. 573-586. doi: 10.1007/s40121-020-00324-3.
18. Sauter J. L., Baine M. K., Butnor K. J. et al. Insights into pathogenesis of fatal COVID-19 pneumonia from histopathology with immunohistochemical and viral RNA studies // Histopathology. – 2020.
19. Schaller T., Hirschbuhl K., Burkhardt K. et al. Postmortem examination of patients with COVID-19 // JAMA. ‒ 2020. ‒ Vol. 323. ‒ Р. 2518-2520.
20. Schnuriger A., Perrier M., Marinho V. et al. Caution in interpretation of SARS-CoV-2 quantification based on RT-PCR cycle threshold value // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. ‒ 2021. ‒ Vol. 100, № 3. ‒ Р. 115366. doi:10.1016/j.diagmicrobio.2021.115366.
21. Sekulic M., Harper H., Nezami B. G. et al. Molecular Detection of SARS-CoV-2 Infection in FFPE samples and histopathologic findings in fatal SARS-CoV-2 cases // Am. J. Clin. Pathol. ‒ 2020. ‒ Vol. 154, № 2. ‒ Р. 190-200. doi:10.1093/ajcp/aqaa091.
22. Tian S., Xiong Y., Liu H. et al. Pathological study of the 2019 novel coronavirus disease (COVID-19) through postmortem core biopsies // ModPathol. ‒ 2020. ‒ Vol. 33, № 6. ‒ Р. 1007-1014. doi:10.1038/s41379-020-0536-x.
23. Trunfio M., Venuti F., Alladio F. et al. Diagnostic SARS-CoV-2 cycle threshold value predicts disease severity, survival, and six-month sequelae in COVID-19 symptomatic patients // Viruses. ‒ 2021. ‒ Vol. 13, № 2. ‒ Р. 281. Published 2021 Feb 11. doi:10.3390/v13020281.
24. WHO Laboratory testing for 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases. Interim guidance. Jan 17, 2020. https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-for-2019-novel-coronavirus-in-suspected-human-cases-20200117.
25. Wong D. W. L., Klinkhammer B. M., Djudjaj S. et al. Multisystemic cellular tropism of SARS-CoV-2 in autopsies of COVID-19 patients // Cells. ‒ 2021. ‒ Vol. 10, № 8. ‒ Р. 1900. Published 2021 Jul. 27. doi:10.3390/cells10081900.
26. Yu F., Yan L., Wang N. et al. Quantitative detection and viral load analysis of SARS-CoV-2 in infected patients // Clin. Infect. Dis. ‒ 2020. ‒ Vol. 71, № 15. ‒ Р. 793-798. doi:10.1093/cid/ciaa345.
27. Yu X., Sun S., Shi Y., Wang H., Zhao R., Sheng J. SARS-CoV-2 viral load in sputum correlates with risk of COVID-19 progression // Crit. Care. ‒ 2020. ‒ Vol. 24, № 1. ‒ Р. 170. Published 2020 Apr. 23. doi:10.1186/s13054-020-02893-8.
Рецензия
Для цитирования:
Одилов А.А., Волков А.В., Абдуллаев А.О., Судариков А.Б., Бабиченко И.И. Количественный анализ уровня вирусной нагрузки SARS-CoV-2 в легких умерших пациентов с COVID-19. Туберкулез и болезни легких. 2021;99(11):7-15. https://doi.org/10.21292/2075-1230-2021-99-11-7-15
For citation:
Odilov A.A., Volkov A.A., Аbdullaev A.O., Sudarikov A.B., Babichenko I.I. Quantitative Analysis of SARS-CoV-2 Viral Load in the Lungs of COVID-19 Deceased Patients. Tuberculosis and Lung Diseases. 2021;99(11):7-15. (In Russ.) https://doi.org/10.21292/2075-1230-2021-99-11-7-15
Просмотров: 594
Послать статью по эл. почте 