Анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов-кандидатов многофакторных заболеваний с туберкулезом легких

Полный текст:


Аннотация

В статье представлены результаты ассоциативного исследования с туберкулезом легких 17 генов, обладающих широкой сферой компетенции, продукты которых информативны по отношению к развитию многофакторных заболеваний различной этиологии. Наибольшее число ассоциаций выявлено с геном NOS3 (в частности, с rs1799983) - зарегистрированы ассоциации как с туберкулезом легких в целом (p = 0,003), так и с его клиническими формами (p = 0,006), уровнем распада ткани (p = 0,029), эндофенотипами (0,002 ≤ p ≤ 0,033 для разных клинических признаков). С изученной патологией в целом ассоциированы также сочетания генотипов VNTR/rs1799983 (ген NOS3), rs3746190/rs11575926 (ген IL12RB1), rs909253/rs1800629 (гены LTA/TNF). Кроме того, с качественными и количественными признаками при туберкулезе легких ассоциированы полиморфные варианты генов TNF, LTA, TNFRSF1B, IL12RB1, IFNGR2, ADRB2, IL4R, GNB3. Ассоциативное исследование генов GNB3, PPP3R1, GATA4 с туберкулезом проведено впервые.

Об авторах

Н. П. Бабушкина
ФГБНУ «НИИ медицинской генетики»
Россия

кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории популяционной генетики,

634050, г. Томск, Наб. p. Ушайки, д. 10



С. В. Буйкин
ФГБНУ «НИИ медицинской генетики», г. Томск
Россия


Е. Ю. Брагина
ФГБНУ «НИИ медицинской генетики», г. Томск
Россия


Н. В. Тарасенко
ФГБНУ «НИИ медицинской генетики», г. Томск
Россия


А. А. Рудко
ФГБНУ «НИИ медицинской генетики», г. Томск
Россия


А. Н. Кучер
ФГБНУ «НИИ медицинской генетики», г. Томск
Россия


Список литературы

1. Ан А. Р., Рудко А. А., Брагина Е. Ю. и др. Исследование ассоциации полиморфных вариантов генов цитокиновых сигналов с туберкулезом легких // Туб. - 2013. - Т. 90, № 8. - С. 34-39.

2. Визель А. А., Яушев М. Ф., Мустафин Р. Р. и др. Бронхолитическая активность дозируемых аэрозолей при активном туберкулезе органов дыхания // Пробл. туб. - 1995. - № 2. - C. 7-9.

3. Кучер А. Н., Бабушкина Н. П., Маркова В.В. и др. Изменчивость полиморфных вариантов генов-кандидатов заболеваний сердечно-сосудистой системы у представителей четырех этнических групп сибирского региона // Мед. генетика. - 2010. - № 5. - С. 24-34.

4. Кучер А. Н., Бабушкина Н. П., Тарасенко Н. В. и др. Изменчивость полиморфных вариантов генов факторов некроза опухоли и их рецепторов у представителей четырех этнических групп сибирского региона // Мед. генетика. - 2010. - № 6. - С. 16-23.

5. Кучер А. Н., Бабушкина Н. П., Кулиш Е. В. и др. Характеристика изменчивости четырех полиморфных вариантов (rs2069705, rs17880053, rs11126176 и rs804271) у представителей коренного и пришлого населения сибирского региона // Принято в печать (Генетика).

6. Кучер А. Н., Бабушкина Н. П., Брагина Е. Ю. и др. Изменчивость полиморфных вариантов генов интерлейкинов и их рецепторов у представителей четырех этнических групп сибирского региона // Мед. генетика. - 2009. - Т. 10. - С. 43-52.

7. Лакин Г. Ф. Биометрия: Учеб. пособие для биол. cпец. ВУЗов - 4-е изд., перераб. и доп. М.: Высш. шк., 1990. - 352 с.

8. Лильин Е. Т., Трубников В. И., Ванюков М. М. Введение в современную фармакогенетику. - М.: Медицина,1984. -160 с.

9. Рудко А. А., Фрейдин М. Б., Брагина Е. Ю. и др. Поиск генов подверженности туберкулезу с использованием результатов полногеномного исследования болезни Крона // Бюллетень сибирской медицины. - 2013. - Т. 12, № 3. - С. 61-68.

10. Рудко А. А., Фрейдин М. Б., Пузырев В. П. Наследственная подверженность туберкулезу // Молекулярная медицина. - 2011. - № 3. - С. 3-10.

11. Шилова М. В. Туберкулез в России в 2011 году: монография. - Ростов н/Д.: Феникс, 2013. - 224 с.

12. Abebe F., Bjune G. The protective role of antibody responses during Mycobacterium tuberculosis infection // Clin. Exp. Immunol. - 2009. - Vol. 157, № 2. - P. 235-243.

13. Abel L., El-Baghdadi J., Bousfiha A. A. et al. Human genetics of tuberculosis: a long and winding road // Phil. Trans. R. Soc. B. - 2014. - Vol. 369: 2030428.

14. Ahmadi K. R., Weale M. E., Xue Z. Y. et al. A single-nucleotide polymorphism tagging set for human drug metabolism and transport // Nat. Genet. - 2005. - Vol. 37. - P. 84-89.

15. Alam M. S., Akaike T., Okamoto S. et al. Role of nitric oxide in host dense in murine Salmonellosis as a function of its antibacterial and antiapoptotic activities // Infect. and Immun. - 2002. - Vol. 70. - Р. 3130-3142.

16. Al-Muhsen S., Casanova J. L. 2008. The genetic heterogeneity of Mendelian susceptibility to mycobacterial diseases // J. Allergy Clin. Immunol. - Vol. 122. - P. 1043-1053.

17. Azouaou N., Petrofsky M., Young L. S. et al. Mycobacterium avium infection in mice is associated with time-related expression of Th1 and Th2 CD4 T-lymphocyte response // Immunology. - 1997. - Vol. 91. - P. 414-420.

18. Belenky S. N., Robbins R. A., Rubinstein I. Nitric oxide synthase inhibitors attenuate human monocyte chemotaxis in vitro // J. Leukoc. Biol. - 1993. - Vol. 53. - P. 498-503.

19. Blumenthal M. N., Namboodiri K. K, Mendell N. et al.Genetic transmission of serum IgE levels // Am. J. Med. Genet. - 1981. - Vol. 10. - P. 219-228.

20. Bustamante J., Boisson-Dupuis S., Abel L. et al. Mendelian susceptibility to mycobacterial disease: Genetic, immunological, and clinical features of inborn errors of IFN-г immunity // Semin. Immunol. - 2014. - Vol. 26, № 6. - P. 454-470.

21. Chan E. D., Chan J., Schluger N. W. What is the role of nitric oxide in murine and human host defense against tuberculosis? // Am. J. Respir. Cell. Mol. Biol. - 2001. - Vol. 25. - P. 606-612.

22. Cherla R. P., Ganju R. K. Stromal cell-derived factor 1 alpha-induced chemotaxis in T cells is mediated by nitric oxide signaling pathways // J. Immunol. - 2001. - Vol. 166. - P. 3067-3074.

23. Cobat A., Orlova M., Barrera L. F. et al. Host genomics and control of tuberculosis infection // Public Health Genomics. - 2013. - Vol. 16. - P. 44-49.

24. Garcia-Elorriaga G., Carrillo-Montes G., Mendoza-Aguilar M., González-Bonilla C. Polymorphisms in tumor necrosis factor and lymphotoxin A in tuberculosis without and with response to treatmen // Inflammation. - 2010. - Vol. 33. - P. 267-75.

25. Goldman D., Cho Y., Zhao M. et al. Expression of inducible nitric oxide synthase in rat pulmonary Cryptococcus neoformans granulomas // Am. J. Pathol. - 1996. - Vol. 148. - P. 1275-1282.

26. Hernandez-Pando R., Orozcoe H., Sampieri A. et al. Correlation between the kinetics of Th1, Th2 cells and pathology in a murine model of experimental pulmonary tuberculosis // Immunology. - 1996. - Vol. 89. - P. 26-33.

27. Iuvone T., Carnuccio R., DiRosa M. Modulation of granuloma formation by endogenous nitric oxide // Eur. J. Pharmacol. - 1994. - Vol. 265. - P. 89-92.

28. Joshi M. S., Mineo C., Shaul P. W. et al. Biochemical consequences of the NOS3 Glu298Asp variation in human endothelium: altered calveolar localization and impaired response to shear // FASEB J. - 2007. - Vol. 21. - P. 2655-2663.

29. Jung J. Y., Madan-Lala R., Georgieva M. et al. The intracellular environment of human macrophages that produce nitric oxide promotes growth of mycobacteria // Infect. Immun. - 2013. - Vol. 81. № 9. - P. 3198-3209.

30. Moller M., de Wit E., Hoal E.G. Past, present and future directions in human genetic susceptibility to tuberculosis // FEMS Immunol. Med. Microbiol. - 2009. - Vol. 2. - P. 1-24.

31. Moller M., Hoal E. G. Current findings, challenges and novel approaches in human genetic susceptibility to tuberculosis // Tuberculosis. - 2010. - Vol. 90. - P. 71-83.

32. Morris J. A., Gardner M. J. Statistics in Medicine: Calculating confidence intervals for relative risks (odds ratios) and standardised ratios and rates // Br. Med. J. (Clin. Res. Ed.). - 1988. - Vol. 296. - P. 1313-1316.

33. Murray H. W., Nathan C. F. Macrophage microbicidal mechanisms in vivo: reactive nitrogen versus oxygen intermediates in the killing of intracellular visceral Leishmania donovani // J. Exp. Med. - 1999. - Vol. 189. - P. 741-746.

34. Oliveira D. M., Silva-Teixeira D. N., Gustavson S. et al. Nitric oxide interaction with IL-10, MIP-1alpha, MCP-1 and RANTES over the in vitro granuloma formation against different Schistosoma mansoni antigenic preparations on human schistosomiasis // Parasitology. - 2000. - Vol. 120. - P. 391-398.

35. Orme I. M., Roberts A. D., Griffin J. P. et al. Cytokine secretion by CD4 T lymphocytes acquired in response to Mycobacterium tuberculosis infection // J. Immunol. - 1993. - V. 141. - P. 518-525.

36. Power C. A., Wei G., Bretscher P. A. Mycobacterial dose defines the Th1/Th2 nature of the immune response independently of whether immunization is administered by intravenous, subcutaneous, or intradermal route // Infect. Immun. - 1998. - V. 66. - P. 5743-5750.

37. Rehm K. E., Xiang L., Elci O.U. et al. Variability in laboratory immune parameters is associated with stress hormone receptor polymorphisms // Neuroimmunomodulation. -2012. - Vol. 19, № 4. - P. 220-228.

38. Salem S., Gros P. Genetic determinants of susceptibility to mycobacterial infections: IRF8, a new kid on the block // Adv Exp Med Biol. - 2013. - Vol. 783. - P. 45-80.

39. Sander B., Skansen-Saphir U., Damm O. et al. Sequential production of Th1 and Th2 cytokines in response to live bacillus Calmette-Guerin // Immunology. - 1995. - Vol. 86. - P. 512-518.

40. Setoguchi K., Takeya M., Akaike T. et al. Expression of inducible nitric oxide synthase and its involvement in pulmonary granulomatous inflammation in rats // Am. J. Pathol. 1996. - Vol. 149. - P. 2005-2022.

41. van Krevel R., Karyadi E., Preyers F. et al. Increased production of interleukin 4 by CD4 and CD8 T cells from patients with tuberculosis is related to the presence of pulmonary cavities // J. Infect. Dis. - 2000. - Vol. 181. - P. 1194-1197.

42. Vane J. R., Michell J. A., Appleton I. et al. Inducible isoforms of cyclooxygenase and nitric oxide synthase in inflammation // Proc. Natl. Acad. Sci USA. -1994. - Vol. 91. - P. 2046-2050.

43. Wang Q., Zhan P., Qiu L. X. et al. TNF-308 gene polymorphism and tuberculosis susceptibility: a meta-analysis involving 18 studies // Mol. Biol. Rep. - 2012. - Vol. 39. - P. 3393-3400.

44. Zhang Y., De S., Garner J. R. et al. Systematic analysis, comparison, and integration of disease based human genetic association data and mouse genetic phenotypic information // BMC Medical Genomics. 2010. 3:1-22 http://www.biomedcentral.com/1755-8794/3/1

45. http://www.hugenavigator.net

46. http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:2784


Дополнительные файлы

Для цитирования: Бабушкина Н.П., Буйкин С.В., Брагина Е.Ю., Тарасенко Н.В., Рудко А.А., Кучер А.Н. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов-кандидатов многофакторных заболеваний с туберкулезом легких. Туберкулез и болезни легких. 2015;(10):10-19.

For citation: Babushkina N.P., Buykin S.V., Bragina E.Y., Tarasenko N.V., Rudko A.A., Kucher A.N. ANALYSIS OF ASSOCIATIONS OF POLYMORPHOUS VARIANTS OF GENES-CANDIDATES OF MULTI-FACTORIAL DISEASES WITH PULMONARY TUBERCULOSIS. Tuberculosis and Lung Diseases. 2015;(10):10-19. (In Russ.)

Просмотров: 198

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2075-1230 (Print)
ISSN 2542-1506 (Online)