МОДЕЛИРОВАНИЕ ЭПИДЕМИЧЕСКОГО РАСПРОСТРАНЕНИЯ ГЕНОТИПА ВEIJING МYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS В РЕСПУБЛИКЕ САХА (ЯКУТИЯ)

Цель: реконструкция эпидемического распространения штаммов генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis на территории с ограниченными миграционными событиями на основе сравнительного изучения 153 изолятов, полученных от больных разных поколений из Республики Саха (Якутия).

Материалы и методы. Путем MIRU-VNTR-генотипирования, субтипирования по участкам генома RD105/RD207, классификации паттернов по клональным комплексам Merker M. et al. (2015) и филогенетического моделирования была описана и проанализирована структура популяции Mycobacterium tuberculosis.

 Результаты. Показано, что высокотрансмиссивные субтипы генотипа Beijing, несущие высокий потенциал формирования антибиотикорезистентности, значимо чаще (χ2 = 8,3, p < 0,01) встречаются у молодых (после 1990 года рождения), чем в старшем поколении (до 1959 года рождения). Определен сдвиг в структуре популяции возбудителя, который произошел во время предыдущих пяти десятилетий.

Заключение. Полученные данные подтверждают предположение более позднего заноса эпидемических субтипов генотипа Beijing (около пятидесяти лет назад) на территорию Республики Саха (Якутия) по сравнению с другими регионами России.

1. Жданова С. Н., Алексеева Г. И., Огарков О. Б., Кравченко А. Ф., Зоркальцева Е. Ю., Винокурова М. К., Савилов Е. Д. Сравнительный анализ генотипов Mycobacterium tuberculosis в Республике Саха (Якутия) и Иркутской области // Якутский медицинский журнал. ‒ 2013. ‒ № 1. ‒ С. 68-71.

2. Жданова С. Н., Огарков О. Б., Степаненко Л. А., Лац А. А., Синьков В. В., Унтанова Л. С., Алексеева Г. И., Савилов Е. Д. Применение делеционного анализа по RD105 для выявления генотипа Пекин Mycobacterium tuberculosis // Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук. ‒ 2011. ‒ № 2. ‒ С. 194-197.

3. Сивцева С. И. Население Якутии после войны: условия жизни и быта // Вестник СВФУ. – 2013. – Т.10. – С. 69-74.

4. Синьков В. В., Савилов Е. Д., Огарков О. Б. Реконструкция эпидемической истории «пекинского» генотипа Mycobacterium tuberculosis в России и странах бывшего СССР по результатам сполиготипирования // Мол. генетика микробиол. вирусол. ‒ 2011. ‒ № 3. ‒ С. 25-29.

5. Синьков В. В., Савилов Е. Д., Огарков О. Б. Эпидемиология туберкулёза в России: молекулярные и исторические доказательства в пользу сценария распространения пекинского генотипа M. tuberculosis в XX в. // Туб. и болезни легких. ‒ 2012. ‒ № 3. ‒ С. 057-062.

6. Сукнёва С. А. Миграционные процессы в Республике Саха (Якутия) // Пространственная экономика. ‒ 2008. ‒ № 1. ‒ С. 62-67.

7. Dabernat H., Theves C., Bouakaze C., Nikolaeva D., Keyser C., Mokrousov I., Geraut A., Duchesne S., Gerard P., Alexeev A. N., Crubezy E., Ludes B. Tuberculosis Epidemiology and Selection in an Autochthonous Siberian Population from the 16th-19th Century // PLoS ONE. ‒ 2014. ‒ Vol. 9, № 2: e89877. doi:10.1371/journal.pone.0089877.

8. Groenheit R., Ghebremichael S., Pennhag A., Jonsson J., Hoffner S., Couvin D., Koivula T., Rastogi N., Kallenius G. Mycobacterium tuberculosis strains potentially involved in the TB epidemic in Sweden a century ago // PLOS ONE. ‒ 2012. ‒ Vol. 77, № 10:e46848. DOI: 10.1371/journal.pone.0046848.

9. Marais B. J., Gie R. P., Schaaf H. S., Hesseling A. C., Obihara C. C., Starke J. J., Enarson D. A., Donald P. R., Beyers N. The natural history of childhood intra-thoracic tuberculosis: a critical review of literature from the pre-chemotherapy era // Int. J. Tuberc. Lung Dis. ‒ 2004. ‒ Vol. 8, № 4. ‒ Р. 392-402.

10. Merker M., Blin C., Mona S., Duforet-Frebourg N., Lecher S., Willery E., Blum M. G., Rusch-Gerdes S., Mokrousov I., Aleksic E. et al. Evolutionary history and global spread of the Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage // Nat Genet. ‒ 2015. ‒ Vol. 47, № 3. ‒ P. 242-249.

11. MIRU. URL: http://www.miru-vntrplus.org/MIRU/miruinfo.faces;jsessionid= 89112F274226E781C7B0B0D9118FDD70

12. Mokrousov I. Insights into the origin, emergence, and current spread of a successful Russian clone of Mycobacterium tuberculosis // Clin. Microbiol. Rev. ‒ 2013. ‒ Vol. 26, № 2. ‒ P. 342-360.

13. Mokrousov I., Ly H. M., Otten T., Lan N. N., Vyshnevskyi B., Hoffner S., Narvskaya O. Origin and primary dispersal of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: clues from human phylogeography // Genome Res. ‒ 2005. ‒ Vol. 15, № 10. ‒ P. 1357-1364.

14. Morariu V. I., Srinivasan B. V., Raykar V. C., Duraiswami R., Davis L. Automatic online tuning for fast Gaussian summation // Advances in Neural Information Processing Systems. ‒ 2008. ‒ Vol. 21. ‒ P. 1113-1120.

15. Ogarkov O., Mokrousov I., Sinkov V., Zhdanova S., Antipina S., Savilov E. «Lethal» combination of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype and human CD209 -336G allele in Russian male population // Infect. Genet. Evol. ‒ 2012. ‒ Vol. 12, № 4. ‒ P. 732-736.

16. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. The UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. ‒ 2012. ‒ Vol. 28. ‒ P. 1166-1167.

17. SITVIT. URL: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_ONLINE/query

18. Smit P. W., Haanpera M., Rantala P., Couvin D., Lyytikainen O., Rastogi N., Ruutu P., Soini H. Genotypic characterization and historical perspective of Mycobacterium tuberculosis among older and younger Finns, 2008-2011 // Clin. Microbiol. Infect. ‒ 2014. ‒ Vol. 20, № 11. ‒ Р. 1134-1139.

19. Supply P., Allix C., Lesjean S., Cardoso-Oelemann M., Rusch-Gerdes S., Willery E., Savine E., de Haas P., van Deutekom H., Roring S. et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. ‒ 2006. ‒ Vol. 44, № 12. ‒ P. 4498-4510.

20. Zhdanova S., Heysell S., Ogarkov O., Boyarinova G., Alexeeva G., Pholwat S., Zorkaltseva E., Houpt E., Savilov E. Primary multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis in 2 regions, Eastern Siberia, Russian Federation // Emerging infectious diseases. ‒ 2013. ‒ Vol. 19, № 10. ‒ P. 1649-1652.