Выявление и дифференциация нетуберкулезных микобактерий и микобактерий туберкулезного комплекса методом пцр в режиме реального времени


https://doi.org/10.21292/2075-1230-2016-94-9-80-87

Полный текст:


Аннотация

Цель исследования: определить дизайн праймеров и зондов, специфичных к ДНК нетуберкулезных микобактерий (НТМБ), и оценить их диагностическую значимость при одновременном выявлении НТМБ и M. tuberculosis complex (МБТК) методом ПЦР в режиме реального времени.

Материалы и методы. Дизайн праймеров и зондов осуществляли с использованием ПО Primer 3, Primer BLAST, Ugene Uni Pro. Предварительную оценку специфичности и чувствительности выявления ДНК НТМБ проводили на культурах, принадлежащих к 18 видам НТМБ, 16 штаммам МБТК и 14 видам микроорганизмов, не относящихся к роду Mycobacterum. Аналитическую чувствительность оценивали на 284 культурах НТМБ, диагностическую чувствительность - на 124 образцах мокроты. Выделение ДНК проводили набором «М-Сорб-Туб-Автомат» (ЗАО «Синтол»). Культуры подвергали субкультивированию на жидкой среде Middlebrook 7H9 в системе Bactec MGIT 960. Идентификацию культур проводили с использованием стандартных микробиологических методов. Анализ ДНК, выделенной из культур, выполняли c помощью набора реагентов GenoTypeCM/AS (Hain Lifescience, Германия).

Результаты. Показаны 100%-ные специфичность и чувствительность ПЦР при работе с культурами микобактерий и 100%-ная специфичность и 69,70%-ная чувствительность при анализе диагностического материала.


Об авторах

В. В. Устинова
ФГБНУ «Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза
Россия

младший научный сотрудник, отдел микробиологии,

 107564, Москва, Яузская аллея, д. 2



Т. Г. Смирнова
ФГБНУ «Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза
Россия

старший научный сотрудник, отдел микробиологии,

 107564, Москва, Яузская аллея, д. 2



Д. А. Варламов
ФГБНУ «Всероссийский НИИ сельскохозяйственной биотехнологии»
Россия

Научный сотрудник,

127550, Москва, ул. Тимирязевская, д. 42



И. Ю. Андриевская
ФГБНУ «Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза
Россия

младший научный сотрудник, отдел микробиологии,

 107564, Москва, Яузская аллея, д. 2



Е. Е. Ларионова
ФГБНУ «Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза
Россия

старший научный сотрудник, отдел микробиологии,

 107564, Москва, Яузская аллея, д. 2



Л. Н. Черноусова
ФГБНУ «Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза
Россия

ведущий научный сотрудник, заведующая отделом микробиологии,

 107564, Москва, Яузская аллея, д. 2



Список литературы

1. Оттен Т.Ф., Васильев А.В. Микобактериоз. - СПб.: Медицинская пресса, 2005. - 224 с.

2. Hong Y. J., Chung Y. H., Kim T. S. et al. Usefulness of three-channel multiplex real-time PCR and melting curve analysis for simultaneous detection and identification of the Mycobacterium tuberculosis complex and nontuberculous mycobacteria // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol. 49. - Р. 3963-3966.

3. Lara-Oya A., Mendoza-Lopez P., Rodriguez-Granger J. et al. Evaluation of the Speed-oligo Direct Mycobacterium tuberculosis assay for molecular detection of Mycobacteria in clinical respiratory specimens // J. Clin. Microbiol. - 2013. - Vol. 51. - Р. 77-82.

4. Luna F.F.-A., Ruiz P., Gutierrez J., Casal M. Evaluation of the GenoType Mycobacteria direct assay for detection of Mycobacterium tuberculosis complex and four atypical mycobacterial species in clinical samples // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol. 44. - P. 3025-3027.

5. Michael D. Perry, P. Lewis White, Michael Ruddy. Potential for use of the seegene anyplex MTB/NTM real-time detection assay in a Regional Reference Laboratory // J. Clin. Microbiol. - 2014. - Vol. 52, № 5. - P. 1708-1710.

6. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M., the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. - 2012. - Vol. 28. - Р. 1166-1167.

7. Richardson E. T., Samson D., Banaei N. Rapid identification of Mycobacterium tuberculosis and Nontuberculous Mycobacteria by Multiplex, Real-Time PCR // J. Clin. Microbiol. - 2009. - Vol. 47. - Р.1497-1502.

8. Rozen S., Skaletsky H. Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers // Methods Mol. Biol. - 2000. - Vol. 132. - Р. 365-386.

9. Shrestha N. K., Tuohy M. J., Hall G. S. et al. Detection and differentiation of Mycobacterium tuberculosis and Nontuberculous mycobacterial isolates by Real-Time PCR // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41. - P. 5121-5126.

10. Taylor S., Wakem M., Dijkman G. et al. A practical approach to RT-qPCR-Publishingdata that conform to the MIQE guidelines // Methods. - 2010. - Vol. 50. - P. S1-S5. doi: 10.1016/j.ymeth.2010.01.005 PMID: 20215014

11. Thomson R M. Changing epidemiology of pulmonary nontuberculous mycobacteria infections // Emerg. Infect. Dis. - 2010. - Vol. 16, № 10. - Р. 1576-1583.


Дополнительные файлы

Для цитирования: Устинова В.В., Смирнова Т.Г., Варламов Д.А., Андриевская И.Ю., Ларионова Е.Е., Черноусова Л.Н. Выявление и дифференциация нетуберкулезных микобактерий и микобактерий туберкулезного комплекса методом пцр в режиме реального времени. Туберкулез и болезни легких. 2016;94(9):80-87. https://doi.org/10.21292/2075-1230-2016-94-9-80-87

For citation: Ustinova V.V., Smirnova T.G., Varlamov D.A., Andrievskaya I.Y., Larionova E.E., Chernousova L.N. DETECTION AND DIFFERENTIATION OF NON-TUBERCULOUS MYCOBACTERIA AND M. TUBERCULOSIS COMPLEX BY REAL TIME PCR. Tuberculosis and Lung Diseases. 2016;94(9):80-87. (In Russ.) https://doi.org/10.21292/2075-1230-2016-94-9-80-87

Просмотров: 253

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2075-1230 (Print)
ISSN 2542-1506 (Online)