Структура популяции генетического семейства Beijing Mycobacterium tuberculosis на территории Западной Сибири


https://doi.org/10.21292/2075-1230-2020-98-5-32-36

Полный текст:


Аннотация

Цель исследования: оценить структуру штаммов генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis в Омской области, Западной Сибири.

Материалы и методы: изучено 325 штаммов M. tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом в Омской области. Определяли принадлежность штаммов к генотипу Beijing, кластерам B0/W148 и 94-32. Проведен анализ локуса NTF и региона RD181. Древние штаммы Beijing были сполиготипированы и MIRU-VNTR-типированы по 12 локусам, и полученные профили сравнивали с международной базой данных SITVIT_WEB.

Результаты. Среди 204 (62,7%) штаммов M. tuberculosis генотипа Beijing 176 (86,3%) штаммов были современной сублинии кластеров 94-32 (60,7%) и В0/W148 (25,0%). Внутри кластера 94-32 обнаружено 13 (10,5%) штаммов группы CAO. Штаммы древней сублинии Beijing RD181[+] и RD181[-] выявлены в 3,4% (7/204) и 10,3% (21/204) случаев соответственно. Все штаммы Beijing RD181[+] имели сполигопрофиль SIT269. Большинство штаммов древней сублинии были представлены MIRU-типами ‒ MIT135 и МIT642.

Заключение. В Омской области Западной Сибири в популяции M. tuberculosis генотипа Beijing преобладают штаммы современной сублинии, распространенность древних штаммов данного генотипа (13,7%). Штаммы современной сублинии кластеров В0/W148, 94-32 CAO и штаммы древней сублинии Beijing характеризуются высоким уровнем множественной лекарственной устойчивости.


Об авторах

А. А. Вязовая
Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера
Россия
Вязовая Анна Александровна кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики


О. А. Пасечник
Омский государственный медицинский университет
Россия
Пасечник Оксана Александровна Омский государственный медицинский университет, кандидат медицинских наук, доцент кафедры эпидемиологии


А. А. Герасимова
Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера
Россия
Герасимова Алена Андреевна младший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики


И. В. Мокроусов
Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера
Россия
Мокроусов Игорь Владиславович доктор биологических наук, заведующий лабораторией молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики


Список литературы

1. Умпелева Т. В., Вязовая А. А., Еремеева Н. И., Кравченко М. А., Нарвская О. В., Скорняков С. Н. Генетические особенности возбудителя туберкулеза в Уральском федеральном округе России // Туб. и болезни легких. – 2016. – Т. 94, № 8. – С. 60-65.

2. Cherednichenko A. G., Dymova M. A., Solodilova O. A., Petrenko T. I., Prozorov A. I., Filipenko M. L. Detection and characteristics of rifampicin-resistant isolates of Mycobacterium tuberculosis. // Bull. Exp. Biol. Med. – 2016. – Vol. 160, № 5. – P. 659-663. doi: 10.1007/s10517-016-3243-3.

3. Gagneux S., De Riemer K., Van T., Kato-Maeda M., de Jong B. C., Narayanan S., Nicol M., Niemann S., Kremer K., Gutierrez M. C., Hilty M., Hopewell P. C., Small P. M. Variable host-pathogen compatibility in Mycobacterium tuberculosis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 2006. – Vol. 103, № 8. – P. 2869-2873.

4. Hunter P. R., Gaston M. A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity // J. Clin. Microbiol. – 1988. – Vol. 26. – P. 2465-2466.

5. Iwamoto T., Yoshida S., Suzuki K., Wada T. Population structure analysis of the Mycobacterium tuberculosis Beijing family indicates an association between certain sublineages and multidrug resistance // Antimicrob. Agents Chemother. – 2008. – Vol. 52. – P. 3805-3809.

6. Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A., Van Agterveld M., Van Soolingen D., Kuijper S., Bunschoten A., Molhuizen H., Shaw R., Goyal M., Van Embden J. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology // J. Clin. Microbiol. – 1997. – Vol. 35. – P. 907-914.

7. Mokrousov I., Ly H. M., Otten T., Lan N. N., Vyshnevskyi B., Hoffner S., Narvskaya O. Origin and primary dispersal of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: clues from human phylogeography // Genome Res. – 2005. – Vol. 15. – P. 1357-1364.

8. Pasechnik O., Vyazovaya A., Vitriv S., Tatarintseva M., Blokh A., Stasenko V., Mokrousov I. Major genotype families and epidemic clones of Mycobacterium tuberculosis in Omsk region, Western Siberia, Russia, marked by a high burden of tuberculosis – HIV coinfection // Tuberculosis (Edinb). – 2018. – Vol. 108. – P. 163-168. doi: 10.1016/j.tube.2017.12.003/

9. Shamputa I. C., Lee J., Allix-Béguec C., Cho E. J., Lee J. I., Rajan V., Lee E. G., Min J. H., Carroll M. W., Goldfeder L. C., Kim J. H., Kang H. S., Hwang S., Eum S. Y., Park S. K., Lee H., Supply P., Cho S. N., Via L. E., Barry C. E. Genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis isolates from a tertiary care tuberculosis hospital in South Korea // J. Clin. Microbiol. ‒ 2010. ‒ Vol. 48. – P. 387-394.

10. Shitikov E., Vyazovaya A., Malakhova M., Guliaev A., Bespyatykh J., Proshina E., Pasechnik O., Mokrousov I. Simple assay to detect Central Asia Outbreak clade of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype // J. Clin. Microbiol. ‒ 2019. ‒ May 1. pii: JCM.00215-19. doi: 10.1128/JCM.00215-19.

11. Skiba Y., Mokrousov I., Ismagulova G., Maltseva E., Yurkevich N., Bismilda V., Chingissova L., Abildaev T., Aitkhozhina N. Molecular snapshot of Mycobacterium tuberculosis population in Kazakhstan: a country-wide study // Tuberculosis. – 2015. – Vol. 95, № 5. – P. 538-546.

12. Supply P., Allix C., Lesjean S., Cardoso-Oelemann M., Rüsch-Gerdes S., Willery E., Savine E., de Haas P., van Deutekom H., Roring S., Bifani P., Kurepina N., Kreiswirth B., Sola C., Rastogi N., Vatin V., Gutierrez M.C., Fauville M., Niemann S., Skuce R., Kremer K., Locht C., van Soolingen D. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44, № 12. – P. 4498-4510.

13. Van Embden J., Cave M., Crawford J., Dale J. W., Eisenach K. D., Gicquel B., Hermans P., Martin C., McAdam R., Shinnick T. M. Strain identification on Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology // J. Clin. Microbiol. – 1993. – Vol. 31. – P. 406-409.

14. Van Soolingen D., Qian L., de Haas P. E., Douglas J. T., Traore H., Portaels F., Qing Hz., Enkhsaikan D., Nymadawa P., van Embden J. D. Predominance of a single genotype of Mycobacterium tuberculosis in countries of east Asia // J. Clin. Microbiol. – 1995. – Vol. 33, № 12. – P. 3234-3238.

15. Wada T., Iwamoto T., Maeda S. Genetic diversity of the Mycobacterium tuberculosis Beijing family in East Asia revealed through refined population structure analysis // FEMS Microbiol. Lett. – 2009. – Vol. 291. – P. 35-43.

16. Zhdanova S., Heysell S. K., Ogarkov O., Boyarinova G., Alexeeva G., Pholwat S., Zorkaltseva E., Houpt E. R., Savilov E. Primary multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis in 2 regions, Eastern Siberia, Russian Federation // Emerg. Infect. Dis. – 2013. – Vol. 19, № 10. – P. 1649-1652. doi: 10.3201/eid1910.121108.


Дополнительные файлы

Для цитирования: Вязовая А.А., Пасечник О.А., Герасимова А.А., Мокроусов И.В. Структура популяции генетического семейства Beijing Mycobacterium tuberculosis на территории Западной Сибири. Туберкулез и болезни легких. 2020;98(5):32-36. https://doi.org/10.21292/2075-1230-2020-98-5-32-36

For citation: Vyazovaya A.A., Pasechnik O.A., Gerasimova A.A., Mokrousov I.V. The population structure of Beijing family of Mycobacterium tuberculosis in Western Siberia. Tuberculosis and Lung Diseases. 2020;98(5):32-36. (In Russ.) https://doi.org/10.21292/2075-1230-2020-98-5-32-36

Просмотров: 73

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2075-1230 (Print)
ISSN 2542-1506 (Online)